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- PDB-6uy4: Crystal structure of dihydroorotate dehydrogenase from Schistosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uy4
タイトルCrystal structure of dihydroorotate dehydrogenase from Schistosoma mansoni
要素Dihydroorotate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / SmDHODH / class 2 dihydroorotate dehydrogenase / Schistosoma mansoni / FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-QLA / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.796 Å
データ登録者Mori, R.M. / Zapata, L.C.C. / Nonato, M.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/04395-6 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/08376-6 ブラジル
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the function and inhibition of dihydroorotate dehydrogenase from Schistosoma mansoni.
著者: de Mori, R.M. / Aleixo, M.A.A. / Zapata, L.C.C. / Calil, F.A. / Emery, F.S. / Nonato, M.C.
履歴
登録2019年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4507
ポリマ－41,3421
非ポリマー1,1086
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.981, 187.981, 187.981
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase


分子量: 41342.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Smp_078730 / プラスミド: pET28a-SUMO / 詳細 (発現宿主): pET28a modified vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: G4VFD7, dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
#2: 化合物 ChemComp-QLA / 2-[(4-fluorophenyl)amino]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione


分子量: 283.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10FNO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % / 解説: Yellow cube
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 MES pH 6.5; 1.4 M CITRIC ACID

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射モノクロメーター: Cryogenically colled channel cut crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.796→47 Å / Num. obs: 14354 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 39.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 2047 / CC1/2: 0.404

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UOY

6uoy
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.796→46.995 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 707 4.94 %
Rwork0.2159 13601 -
obs0.2174 14308 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.68 Å2 / Biso mean: 79.8748 Å2 / Biso min: 51.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.796→46.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 76 45 2738
Biso mean--88.73 76.06 -
残基数----354
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.796-3.01190.41221270.3456263098
3.0119-3.31490.31241430.27052679100
3.3149-3.79440.27921410.2232688100
3.7944-4.77980.21561440.19012730100
4.7798-46.9950.21971520.20162874100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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