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- PDB-6uxz: (S)-4-Amino-5-phenoxypentanoate as a Selective Agonist of the Tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxz
タイトル(S)-4-Amino-5-phenoxypentanoate as a Selective Agonist of the Transcription Factor GabR
要素HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
キーワードTRANSCRIPTION / GabR Transcription Factor / Selective agonist GABA. Metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QL4 / HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Catlin, D.S. / Liu, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM113229 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01 DA030604 米国
National Science Foundation (NSF, United States)ECCS-1542205 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: (S)-4-Amino-5-phenoxypentanoate designed as a potential selective agonist of the bacterial transcription factor GabR.
著者: Catlin, D.S. / Reidl, C.T. / Trzupek, T.R. / Silverman, R.B. / Cannon, B.L. / Becker, D.P. / Liu, D.
履歴
登録2019年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
C: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,26910
ポリマ－83,8162
非ポリマー1,4538
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area28080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.650, 152.650, 69.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量: 41907.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: gabR, ycnF, BSU03890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94426
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-QL4 / (4S)-4-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]-5-phenoxypentanoic acid


分子量: 438.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG 3350, 100 mM imidazole pH 8.0, and 200 mM Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 20715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 3701 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4T4J

4t4j


解像度: 2.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 17.202 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.412
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2631 1034 5 %RANDOM
Rwork0.1991 ---
obs0.2023 19629 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 169.65 Å2 / Biso mean: 70.315 Å2 / Biso min: 29.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5763 0 90 0 5853
Biso mean--82.14 --
残基数----717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.9838174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.022313148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1565741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27123.357280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.864151117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5291552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021259
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 69 -
Rwork0.351 1423 -
all-1492 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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