+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uxf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of V. metoecus NucC, hexamer form | ||||||
![]() | Vibrio meotecus sp. RC341 NucC | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Nuclease | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF6602 / Domain of unknown function (DUF6602) / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / metal ion binding / CRISPR-associated endodeoxyribonuclease NucC![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, Q. / Corbett, K.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Mechanism of a Cyclic Trinucleotide-Activated Bacterial Endonuclease Mediating Bacteriophage Immunity. 著者: Lau, R.K. / Ye, Q. / Birkholz, E.A. / Berg, K.R. / Patel, L. / Mathews, I.T. / Watrous, J.D. / Ego, K. / Whiteley, A.T. / Lowey, B. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J. / Jain, M. / Pogliano, J. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 126.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 246.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 246.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6p7oSC ![]() 6p7pC ![]() 6p7qC ![]() 6q1hC ![]() 6uxgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データの種類: diffraction image data / 詳細: raw diffraction data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/735 |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| x 6||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28072.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.38 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M sodium formate, 14% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→100 Å / Num. obs: 55873 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 33.5 % / Biso Wilson estimate: 28.28 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 38.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 8767 / CC1/2: 0.669 / Rrim(I) all: 1.57 / Rsym value: 1.527 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6P7O 解像度: 1.65→69.2 Å / SU ML: 0.1941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.8837
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→69.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 46.9509903729 Å / Origin y: -42.2455099475 Å / Origin z: -3.81082839784 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |