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- PDB-6uvu: Crystal structure of the AntR antimony-specific transcriptional r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uvu
タイトルCrystal structure of the AntR antimony-specific transcriptional repressor
要素ArsR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / ArsR / Arsenic/Antimony Binding / transcriptional repressor
機能・相同性Helix-turn-helix domain / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ArsR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thiruselvam, V. / Banumathi, S. / Palani, K. / Manohar, R. / Rosen, B.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM055425 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of AntR, an Sb(III) responsive transcriptional repressor.
著者: Viswanathan, T. / Chen, J. / Wu, M. / An, L. / Kandavelu, P. / Sankaran, B. / Radhakrishnan, M. / Li, M. / Rosen, B.P.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ArsR family transcriptional regulator
B: ArsR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0702
ポリマ－27,0702
非ポリマー00
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.690, 58.510, 53.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 ArsR family transcriptional regulator


分子量: 13534.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
遺伝子: P353_26355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A096F4H2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4,000, 0.1 M TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.11 Å / Num. obs: 16526 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.87
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / Num. unique obs: 1653 / CC1/2: 0.95 / Rrim(I) all: 0.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
iMOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1smt

1smt


解像度: 2.1→47.11 Å / SU ML: 0.2912 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.063
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 872 5.33 %
Rwork0.2216 --
obs0.224 16347 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 0 111 1812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94992312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.41991076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.230.29831020.2692621X-RAY DIFFRACTION99.16
2.23-2.40.35621280.29832467X-RAY DIFFRACTION95.12
2.4-2.650.311660.2382581X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.030.34521420.25712576X-RAY DIFFRACTION99.16
3.03-3.820.27351500.21512613X-RAY DIFFRACTION99.68
3.82-47.110.20291840.17882617X-RAY DIFFRACTION99.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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