PDB-6uvg: Crystal structure of BCL-XL bound to compound 13: (R)-2-(3-([1,1'...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uvg

タイトル

Crystal structure of BCL-XL bound to compound 13: (R)-2-(3-([1,1'-Biphenyl]-4-carbonyl)-3-(4-methylbenzyl)ureido)-3-(((3R,5R,7R)-adamantan-1-ylmethyl)sulfonyl)propanoic acid

要素

Bcl-2-like protein 1

キーワード

Apoptosis/INHIBITOR / Apoptosis / BCL-2 family / BCL-XL / inhibitor / Apoptosis-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / RAS processing / male gonad development / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / nuclear membrane / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Roy, M.J. / Lessene, G. / Czabotar, P.E.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Development of Potent Benzoylurea Inhibitors of BCL-X L and BCL-2.
著者: Roy, M.J. / Vom, A. / Okamoto, T. / Smith, B.J. / Birkinshaw, R.W. / Yang, H. / Abdo, H. / White, C.A. / Segal, D. / Huang, D.C.S. / Baell, J.B. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. / Lessene, G.

履歴

登録	2019年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年5月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6uvg.ent.gz	594.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uvg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6uvg_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uvg_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6uvg_validation.xml.gz	4 KB	表示
CIF形式データ	6uvg_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6uvcC 6uvdC 6uveC 6uvfC 6uvhC 2yxjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zlr-d 6uvf-1 5fmk-1 6ha0-d 5uth-d 3czx-2 6uvf-6 6z1q-1 3p1a-d 6uve-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-like protein 1

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-like protein 1

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-like protein 1

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-like protein 1

I: Bcl-2-like protein 1

J: Bcl-2-like protein 1

K: Bcl-2-like protein 1

L: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

224 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

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37.4 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Bcl-2-like protein 1

J: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Bcl-2-like protein 1

L: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.593, 103.696, 111.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 17917.959 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物	ChemComp-QHP / (R)-2-(3-([1,1'-Biphenyl]-4-carbonyl)-3-(4-methylbenzyl)ureido)-3-(((3R,5R,7R)-adamantan-1-ylmethyl)sulfonyl)propanoic acid 分子量: 628.778 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₀N₂O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30.22 Å / Num. obs: 112996 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.787 % / B_iso Wilson estimate: 49.71 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 11.52 / Num. measured all: 427930

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.23	3.75	1.615	0.94	67108	18448	17895	0.331	1.879	97
2.23-2.38	3.848	0.907	1.71	66039	17366	17162	0.622	1.053	98.8
2.38-2.57	3.847	0.544	2.77	61473	16131	15979	0.804	0.631	99.1
2.57-2.82	3.84	0.294	4.94	56735	14889	14776	0.935	0.341	99.2
2.82-3.15	3.82	0.137	9.99	51134	13484	13385	0.983	0.16	99.3
3.15-3.63	3.774	0.066	18.94	44515	11894	11796	0.996	0.077	99.2
3.63-4.45	3.685	0.038	30.92	36819	10111	9992	0.998	0.045	98.8
4.45-6.28	3.663	0.029	37.37	28411	7830	7756	0.998	0.034	99.1
6.28-30.22	3.689	0.021	42.91	15696	4416	4255	0.999	0.025	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YXJ

2yxj

解像度: 2.1→30.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU R_free Blow DPI: 0.163 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.169

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	5649	5 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.206	112968	98.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.77 Å² / B_iso mean: 72.22 Å² / B_iso min: 27.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5164 Å²	0 Å²	-0.6786 Å²
2-	-	-5.1722 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6558 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→30.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13317	0	600	160	14077
B_iso mean	-	-	84.36	54.28	-
残基数	-	-	-	-	1684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4870	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2675	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	14300	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1677	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	16514	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	14300	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	19466	HARMONIC	2	0.93
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.62

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.12 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	113	5 %
R_work	0.2174	2147	-
all	0.2168	2260	-
obs	-	-	84.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3788	0.1948	-0.0207	1.9036	-0.0294	1.06	0.0108	0.0284	0.0146	0.0087	0.0258	-0.2404	0.0933	0.1632	-0.0366	-0.0247	0.0397	0.0721	-0.0716	0.0035	-0.1481	89.5737	8.0496	134.7649
2	2.1286	0.0696	-0.9166	1.905	-0.2848	1.6842	-0.1831	-0.0068	-0.314	-0.3042	0.0365	-0.0614	0.413	-0.0114	0.1467	0.0563	0.0327	0.0718	-0.1276	-0.0536	-0.2167	89.5059	-16.5053	132.7827
3	3.5483	0.3623	-1.4957	1.2796	0.5659	3.272	0.1032	0.1105	0.2918	0.0165	0.0473	-0.0374	-0.1357	0.1713	-0.1505	-0.2234	-0.0271	0.0298	-0.066	0.0007	-0.1095	104.6122	39.001	130.2914
4	3.2498	0.546	-0.2767	1.1528	0.4837	4.5235	0.2493	-0.9171	0.7404	0.0017	0.0489	-0.1787	-0.9284	0.8118	-0.2983	-0.2574	-0.2246	0.1352	0.0346	-0.2614	-0.0978	115.8987	54.5282	147.863
5	6.5101	-0.5979	-1.2176	1.6136	-1.1536	2.7173	-0.1326	0.1002	0.1627	-0.0291	0.1204	0.0782	0.246	0.1283	0.0122	-0.199	-0.0045	-0.0147	-0.0576	0.0142	-0.2055	70.7798	37.9227	115.488
6	5.0401	-1.3867	-0.5488	2.6739	-1.366	3.2571	0.3541	1.4084	0.5974	-0.1878	0.0563	0.2352	0.0244	-0.6212	-0.4104	-0.3582	-0.0228	-0.0165	0.4273	0.3172	-0.1526	55.2753	48.6903	98.0207
7	2.823	-0.6923	-0.2638	1.8412	-0.7867	4.6866	-0.0451	0.1992	-0.1576	-0.0323	0.4843	0.4806	-0.2314	-1.0903	-0.4392	-0.2023	0.0325	0.0361	0.0603	0.1685	-0.2036	60.5611	-2.7655	144.1038
8	1.2156	-0.6584	0.8519	2.2056	-0.9373	2.47	-0.1316	-0.1395	0.092	0.4184	0.244	0.0488	-0.3015	-0.2399	-0.1124	0.0267	0.0891	0.0948	-0.0943	0.0238	-0.1853	78.1157	-8.6929	161.9272
9	5.3321	0.2915	-2.9625	3.0657	2.4814	5.0683	0.5491	-0.5557	1.3294	-0.4075	-0.1965	-0.0959	-0.7025	-0.2934	-0.3525	-0.4638	0.1048	0.1618	-0.1208	-0.1792	0.0834	68.3635	2.4125	89.5869
10	4.4246	0.1431	-0.7833	3.9067	1.9661	2.5578	0.0282	0.8158	-0.1443	-0.0542	-0.2584	0.1105	0.1908	-0.8511	0.2302	-0.3835	-0.071	0.046	0.2668	-0.0694	-0.246	60.6216	-17.1688	74.4166
11	2.36	0.1632	-1.6506	2.4854	-0.7166	4.6928	0.646	-0.4136	0.6365	-0.0726	0.0485	0.3889	-0.4903	0.765	-0.6945	-0.3129	-0.0834	0.2255	-0.1022	-0.3584	0.0948	112.0458	7.4213	113.1644
12	4.2464	0.9957	-2.9389	5.014	-1.7769	3.0676	0.0526	-0.9279	-0.2812	-0.0388	-0.4499	0.2516	0.6002	0.8076	0.3973	-0.1044	0.0899	0.1045	0.1127	-0.1566	-0.2659	113.7064	-15.2546	121.9272
13	0.3139	0.0265	-0.2417	0.4724	-0.1587	0.6104	-0.0209	0.1771	-0.0451	-0.0673	0.0197	-0.058	0.1051	-0.1663	0.0012	-0.1439	-0.0167	-0.028	0.0003	-0.0573	-0.1547	89.8153	11.595	119.0878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|-4 - A\|197 }	A	-4 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|-4 - B\|196 }	B	-4 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|4 - C\|197 }	C	4 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|-1 - D\|195 }	D	-1 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|1 - E\|196 }	E	1 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|1 - F\|197 }	F	1 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|-1 - G\|196 }	G	-1 - 196
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|0 - H\|197 }	H	0 - 197
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|2 - I\|195 }	I	2 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|4 - J\|195 }	J	4 - 195
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|-1 - K\|197 }	K	-1 - 197
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|-5 - L\|195 }	L	-5 - 195
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	A	301
14	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	C	301
15	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	B	301
16	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	E	301
17	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	D	301
18	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	G	301
19	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	F	301
20	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	I	301
21	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	H	301
22	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|301 - A\|301 C\|301 - C\|301 B\|301 - B\|301 E\|301 - E\|301 D\|301 - D\|301 G\|301 - G\|301 F\|301 - F\|301 I\|301 - I\|301 H\|301 - H\|301 K\|301 - K\|301 J\|301 - J\|301 L\|301 - L\|301 }	K	301
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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