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- PDB-6uvd: Crystal structure of BCL-XL bound to compound 2: (2R)-3-(Benzylsu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uvd
タイトルCrystal structure of BCL-XL bound to compound 2: (2R)-3-(Benzylsulfanyl)-2-({[(4-methylphenyl)methyl] [(4 phenylphenyl)carbonyl] carbamoyl}amino) propanoic acid
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードApoptosis/INHIBITOR / Apoptosis / BCL-2 family / BCL-XL / inhibitor / Apoptosis-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / RAS processing / male gonad development / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / nuclear membrane / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XOU / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Roy, M.J. / Birkinshaw, R. / Lessene, G. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Development of Potent Benzoylurea Inhibitors of BCL-X L and BCL-2.
著者: Roy, M.J. / Vom, A. / Okamoto, T. / Smith, B.J. / Birkinshaw, R.W. / Yang, H. / Abdo, H. / White, C.A. / Segal, D. / Huang, D.C.S. / Baell, J.B. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. / Lessene, G.
履歴
登録2019年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,88418
ポリマ－35,8362
非ポリマー2,04816
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.149, 97.149, 74.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-XOU / (2R)-3-(Benzylsulfanyl)-2-({[(4-methylphenyl)methyl] [(4 phenylphenyl)carbonyl] carbamoyl}amino) propanoic acid


分子量: 538.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H30N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.4 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 22376 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 42.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.395 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 160447
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.237.10.54222051.4061100
2.23-2.327.20.41922351.3751100
2.32-2.427.20.32521911.3851100
2.42-2.557.20.24922421.3441100
2.55-2.717.20.19522111.41100
2.71-2.927.20.13422301.433199.8
2.92-3.217.20.09422341.408199.8
3.21-3.687.20.06422451.41199.8
3.68-4.637.20.04522471.422198.9
4.63-506.90.03223361.364198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXJ

2yxj


解像度: 2.15→36.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU ML: 0.24 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.157 / 位相誤差: 19.74
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1095 4.91 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 22287 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.8 Å2 / Biso mean: 43.55 Å2 / Biso min: 25.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8316 Å20 Å20 Å2
2--0.8316 Å20 Å2
3----1.6632 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2285 0 137 111 2533
Biso mean--55.34 50.17 -
残基数----283
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d901SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes502HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2605HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion296SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3271SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2605HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3509HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.08
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 32 7.17 %
Rwork0.1977 414 -
all0.2015 446 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.0021-0.7381.1570.638-0.004700.06290.18920.14160.0955-0.00450.0831-0.00120.0141-0.0584-0.0317-0.06040.0354-0.0630.0069-0.065230.8967-39.9876-15.1117
20.11350.1794-0.39460.574-0.93173.6320.00040.02820.16750.10670.0401-0.1571-0.13880.0451-0.0406-0.03210.0098-0.00370.05050.00540.034745.5629-38.3055-30.5814
30.63640.21950.13372.3138-0.0362.34550.05510.10150.054-0.31720.14790.14490.01810.0039-0.2029-0.0635-0.05270.03750.00950.0532-0.05339.4365-37.6943-47.8421
41.0079-0.15590.0946-0.516-0.7141.09080.04690.15810.0636-0.0158-0.017-0.0094-0.0128-0.0992-0.0299-0.0214-0.04290.010.06920.01820.01936.1336-36.5047-39.4825
5-0.07993.1219-0.58897.1907-0.659900.05540.0554-0.0812-0.17850.06420.07940.55680.0502-0.11970.1179-0.0125-0.00410.0003-0.03430.029843.0106-54.1936-39.4154
60.5927-1.2083.1552.91190.83670-0.0773-0.2184-0.31550.14910.1446-0.11570.4014-0.1093-0.0673-0.0010.0244-0.017-0.0648-0.0017-0.07448.1681-50.1217-28.773
70.565-0.54780.91120.20521.47732.8046-0.04030.0182-0.01280.4240.07920.19760.2178-0.0686-0.0389-0.0696-0.01740.02630.00960.0421-0.04533.8676-37.1921-29.0635
84.3423-2.45424.34840.3767-1.594410.33040.16850.16960.6250.0073-0.0253-0.1359-0.13280.0929-0.1431-0.0188-0.06640.0459-0.0555-0.00190.070538.8762-31.2638-11.2826
9-1.95150.34791.45645.14780.89224.08850.23-0.49450.1440.1094-0.0614-0.2450.0650.0531-0.1686-0.0305-0.03490.02170.0339-0.11260.037943.8856-35.52762.8156
10-1.477-0.52610.13876.2534-4.43051.9315-0.0019-0.1154-0.31520.12540.0954-0.15010.34360.142-0.09350.0655-0.0547-0.11330.0123-0.0460.12434.8144-53.16611.7095
114.22630.2534-0.33255.7464-0.00230.33950.2754-0.51690.03640.2114-0.10790.1330.14650.1009-0.16750.0126-0.14640.01910.0575-0.0141-0.093828.107-43.30173.8915
123.11481.3829-0.52480.561-0.00840.87340.1358-0.35280.02250.2822-0.0755-0.02610.0755-0.0176-0.0604-0.0585-0.0711-0.0043-0.0396-0.0046-0.083332.699-43.3486-4.1037
136.3739-2.0351-1.71126.0407-2.25068.35790.2722-0.0521.0796-0.2809-0.1847-0.2922-0.2836-0.1811-0.0875-0.08980.00430.0686-0.1292-0.02110.147225.7681-26.7098-8.1427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-3 - A|20 }A-3 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|21 - A|111 }A21 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|112 - A|136 }A112 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|137 - A|177 }A137 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|178 - A|186 }A178 - 186
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|187 - A|197 }A187 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|3 - B|83 }B3 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|84 - B|100 }B84 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|101 - B|111 }B101 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|112 - B|119 }B112 - 119
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|120 - B|130 }B120 - 130
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|131 - B|177 }B131 - 177
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|178 - B|196 }B178 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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