[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6uuk: Crystal structure of muramoyltetrapeptide carboxypeptidase from O... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uuk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of muramoyltetrapeptide carboxypeptidase from Oxalobacter formigenes | ||||||
Components | Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / LD-carboxy peptidase / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Oxalobacter formigenes OXCC13 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.348 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of muramoyltetrapeptide carboxypeptidase from Oxalobacter formigenes Authors: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6uuk.cif.gz | 125.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6uuk.ent.gz | 96.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6uuk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6uuk_validation.pdf.gz | 439.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6uuk_full_validation.pdf.gz | 444.1 KB | Display | |
Data in XML | 6uuk_validation.xml.gz | 20.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6uuk_validation.cif.gz | 28 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uuk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1zrsS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 39414.793 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oxalobacter formigenes OXCC13 (bacteria) Gene: idcA, OFBG_01115 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: C3XA61, muramoyltetrapeptide carboxypeptidase #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.86 Å3/Da / Density % sol: 33.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 0.2M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 6, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.348→50 Å / Num. obs: 23955 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.834 / Net I/σ(I): 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1zrs Resolution: 2.348→40.826 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 144.59 / Phase error: 25.12
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.79 Å2 / Biso mean: 28.3973 Å2 / Biso min: 8.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.348→40.826 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
|