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- PDB-2y4r: CRYSTAL STRUCTURE OF 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE FROM PSEUDOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y4r
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
キーワードLYASE / PARA-AMINOBENZOIC ACID / FOLATE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / 4-aminobenzoate biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminodeoxychorismate lyase, class IV / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV ...Aminodeoxychorismate lyase, class IV / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aminodeoxychorismate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者O'Rourke, P.E.F. / Eadsforth, T.C. / Fyfe, P.K. / Shepard, S.M. / Agacan, M. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Pseudomonas Aeruginosa 4-Amino-4-Deoxychorismate Lyase: Spatial Conservation of an Active Site Tyrosine and Classification of Two Types of Enzyme.
著者: O'Rourke, P.E.F. / Eadsforth, T.C. / Fyfe, P.K. / Shepherd, S.M. / Hunter, W.N.
履歴
登録2011年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2011年1月19日ID: 2Y1U
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.22019年1月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
B: 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,12922
ポリマ－64,6762
非ポリマー2,45320
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-59.4 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.813, 66.817, 202.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE


分子量: 32337.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LYSINE 140 IS COVALENTLY LINKED TO A PYRIDOXAL PHOSPHATE COFACTOR
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q9HZN6, aminodeoxychorismate lyase

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非ポリマー , 8種, 493分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP) IS A PHYSIOLOGICAL CO-FACTOR.
配列の詳細THE PROTEIN BEARS AN N-TERMINAL HEXA-HISTIDINE PURIFICATION TAG NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, 293K, 1 TO 1 MIXTURE OF RESERVOIR TO PROTEIN SOLUTION. RESERVOIR CONTAINED 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 10 % W/V PEG400, 0.1 M MES PH 6.5. PROTEIN SOLUTION ...詳細: VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, 293K, 1 TO 1 MIXTURE OF RESERVOIR TO PROTEIN SOLUTION. RESERVOIR CONTAINED 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 10 % W/V PEG400, 0.1 M MES PH 6.5. PROTEIN SOLUTION CONTAINED PABC PROTEIN AT 33 MG/ML, 500 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.5, 0.1 MM PYRIDOXAL PHOSPHATE AND 10 MM PARA-AMINOBENZOIC ACID.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.977
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月13日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 56255 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.75→5.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ET0

1et0


解像度: 1.75→101.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.162 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE SIDE-CHAIN FOR ARG 90 IN BOTH CHAIN A AND CHAIN B HAS ZERO OCCUPANCY BEYOND CB. THE PRESENCE OF THIS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE SIDE-CHAIN FOR ARG 90 IN BOTH CHAIN A AND CHAIN B HAS ZERO OCCUPANCY BEYOND CB. THE PRESENCE OF THIS ARGININE IN THE PROTEIN SEQUENCE HAS BEEN CONFIRMED BY DNA SEQUENCING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21543 2851 5.1 %RANDOM
Rwork0.16695 ---
obs0.16937 53372 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.669 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→101.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4190 0 153 473 4816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1392.0146260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0175594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79222.294218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16215764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8211563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3391.52775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14324449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22231835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8584.51778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 220 -
Rwork0.308 3847 -
obs--97.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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