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万見
- PDB-6uug: Structure of methanesulfinate monooxygenase MsuC from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uug
タイトルStructure of methanesulfinate monooxygenase MsuC from Pseudomonas fluorescens at 1.69 angstrom resolution
要素Putative dehydrogenase
キーワードFLAVOPROTEIN / two-component flavin-dependent monooxygenase / methyl sulfur assimilation / dimethylsulfide / global sulfur cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily ...Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.685 Å
データ登録者Soule, J. / Gnann, A.D. / Gonzalez, R. / Parker, M.J. / McKenna, K.C. / Nguyen, S.V. / Phan, N.T. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1807480 米国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structure and function of the two-component flavin-dependent methanesulfinate monooxygenase within bacterial sulfur assimilation.
著者: Soule, J. / Gnann, A.D. / Gonzalez, R. / Parker, M.J. / McKenna, K.C. / Nguyen, S.V. / Phan, N.T. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P.
履歴
登録2019年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年5月6日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dehydrogenase
B: Putative dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5162
ポリマ－92,5162
非ポリマー00
水6,684371
1
A: Putative dehydrogenase
B: Putative dehydrogenase

A: Putative dehydrogenase
B: Putative dehydrogenase


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MsuC runs as a species of similar size to gamma globulin (150 kDa). The expected MW of the tetramer is ~180 kDa, therefore MsuC runs as a more compact structure by gel filtration.
  • 185 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,0324
ポリマ－185,0324
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13600 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area53320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.187, 161.582, 62.045
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Putative dehydrogenase


分子量: 46258.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain Pf0-1) (蛍光菌)
株: Pf0-1 / 遺伝子: Pfl01_3917 / プラスミド: pPfl01_msuC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3K9A0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % / 解説: trapezoidal shaped, small crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.5) 0.15 M CaCl2 30% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→62.045 Å / Num. obs: 92686 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 20.32
反射 シェル解像度: 1.68→1.79 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 14648 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.479 / Rsym value: 1.164 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019データ削減
XDSVERSION Mar 15, 2019データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XB8

5xb8


解像度: 1.685→62.045 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: Rounds of simulated annealing, minimization, and B-factor refinement were conducted until convergence. Occupancies of alternate side-chain conformations were optimized towards the end of refinement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 4633 5 %
Rwork0.1852 --
obs0.1864 87979 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.685→62.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6038 0 0 371 6409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00626272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76348543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.99873724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.750.31524990.28869471X-RAY DIFFRACTION98.09
1.75-1.830.26915110.23789706X-RAY DIFFRACTION99.88
1.83-1.930.26645120.22289710X-RAY DIFFRACTION99.94
1.93-2.050.25255090.20389674X-RAY DIFFRACTION99.92
2.05-2.210.21035130.18269732X-RAY DIFFRACTION99.78
2.21-2.430.23015080.18989757X-RAY DIFFRACTION99.92
2.43-2.780.22045200.19079819X-RAY DIFFRACTION99.91
2.78-3.510.21155210.18739876X-RAY DIFFRACTION99.94
3.51-62.090.1825400.170510234X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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