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万見
- PDB-6utc: Intra-chain disulfide bonded ToxR periplasmic domain from Vibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6utc
タイトルIntra-chain disulfide bonded ToxR periplasmic domain from Vibrio vulnificus
要素Transcriptional activator ToxR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Sensor / Periplasm / ToxR / alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane transcription activator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.249 Å
データ登録者Midgett, C.R. / Swindell, R.A. / Kull, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI140740 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: A disulfide constrains the ToxR periplasmic domain structure, altering its interactions with ToxS and bile-salts.
著者: Midgett, C.R. / Swindell, R.A. / Pellegrini, M. / Jon Kull, F.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator ToxR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7452
ポリマ－11,6491
非ポリマー961
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.970, 40.440, 50.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional activator ToxR / Transcriptional regulator / Transmembrane transcription activator


分子量: 11649.110 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: toxR, CRN46_04050, D8T65_08455, FORC36_0761 / プラスミド: pET-VvToxRp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express / 参照: UniProt: Q9RP86
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 4 mg/ml VvToxRp, 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Na Cacodylate pH 6.3
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.249→28.43 Å / Num. obs: 20411 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.84
反射 シェル解像度: 1.249→1.294 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9187 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1084 / CC1/2: 0.474 / Rpim(I) all: 0.4217 / Rrim(I) all: 1.018 / % possible all: 47.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Se-Met-VvToxRp

解像度: 1.249→28.428 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2126 3748 9.83 %
Rwork0.1925 --
obs0.1944 20411 87.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.4 Å2 / Biso mean: 23.79 Å2 / Biso min: 12.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.249→28.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数708 0 5 104 817
Biso mean--24.27 32.84 -
残基数----91
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2491-1.26490.452550.426563042
1.2649-1.28160.3966850.370164046
1.2816-1.29910.4264790.341476852
1.2991-1.31770.4197960.337882858
1.3177-1.33730.3366910.329890061
1.3373-1.35820.27031160.334899268
1.3582-1.38050.28111170.2913109676
1.3805-1.40430.33941400.2847122284
1.4043-1.42980.29211530.2592137493
1.4298-1.45730.25621500.2254137196
1.4573-1.48710.28911600.2175142897
1.4871-1.51940.21181470.2061141598
1.5194-1.55480.21541680.2136139997
1.5548-1.59360.24691600.21091454100
1.5936-1.63670.22981550.1965141898
1.6367-1.68490.23891560.2035148199
1.6849-1.73930.20691520.19661447100
1.7393-1.80140.19771580.2062143699
1.8014-1.87350.22261530.1937144799
1.8735-1.95880.22241550.1937146199
1.9588-2.0620.21351540.19681436100
2.062-2.19120.1921690.18661451100
2.1912-2.36030.1851580.1821464100
2.3603-2.59770.2471490.19081451100
2.5977-2.97320.20511570.18681462100
2.9732-3.74460.21061550.17621476100
3.7446-28.4280.16681600.16251451100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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