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万見
- PDB-6ut3: X-ray structure of Thermococcus gammatolerans McrB AAA+ domain he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ut3
タイトルX-ray structure of Thermococcus gammatolerans McrB AAA+ domain hexamer in P21 symmetry
要素GTPase subunit of restriction endonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN / AAA protein / GTPase / Methylation-dependent restriction
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTPase subunit of restriction endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus gammatolerans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Niu, Y. / Hosford, C.J. / Chappie, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural asymmetry governs the assembly and GTPase activity of McrBC restriction complexes.
著者: Yiming Niu / Hiroshi Suzuki / Christopher J Hosford / Thomas Walz / Joshua S Chappie /
要旨: McrBC complexes are motor-driven nucleases functioning in bacterial self-defense by cleaving foreign DNA. The GTP-specific AAA + protein McrB powers translocation along DNA and its hydrolysis ...McrBC complexes are motor-driven nucleases functioning in bacterial self-defense by cleaving foreign DNA. The GTP-specific AAA + protein McrB powers translocation along DNA and its hydrolysis activity is stimulated by its partner nuclease McrC. Here, we report cryo-EM structures of Thermococcus gammatolerans McrB and McrBC, and E. coli McrBC. The McrB hexamers, containing the necessary catalytic machinery for basal GTP hydrolysis, are intrinsically asymmetric. This asymmetry directs McrC binding so that it engages a single active site, where it then uses an arginine/lysine-mediated hydrogen-bonding network to reposition the asparagine in the McrB signature motif for optimal catalytic function. While the two McrBC complexes use different DNA-binding domains, these contribute to the same general GTP-recognition mechanism employed by all G proteins. Asymmetry also induces distinct inter-subunit interactions around the ring, suggesting a coordinated and directional GTP-hydrolysis cycle. Our data provide insights into the conserved molecular mechanisms governing McrB family AAA + motors.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase subunit of restriction endonuclease
B: GTPase subunit of restriction endonuclease
C: GTPase subunit of restriction endonuclease
D: GTPase subunit of restriction endonuclease
E: GTPase subunit of restriction endonuclease
F: GTPase subunit of restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,07814
ポリマ－300,8236
非ポリマー2,2548
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26080 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area93880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.474, 109.619, 120.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.335, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
GTPase subunit of restriction endonuclease


分子量: 50137.219 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP Residues 186-613 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus gammatolerans (strain DSM 15229 / JCM 11827 / EJ3) (古細菌)
株: DSM 15229 / JCM 11827 / EJ3 / 遺伝子: TGAM_0453 / プラスミド: PET15BP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: C5A3Z3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium acetate, pH 6.5, 17.5 % MPD with a drop size of 2 micro-liters and reservoir volume of 650 micro-liters.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→114.65 Å / Num. obs: 57659 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 111.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.04 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.415 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4037 / CC1/2: 0.556 / Rrim(I) all: 1.674 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSBUILT=20180307データスケーリング
CRANK2位相決定
BUCCANEERモデル構築
XDSBUILT=20180307データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→114.65 Å / SU ML: 0.722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.2557
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3629 1833 3.44 %1439
Rwork0.3452 ---
obs0.3458 53315 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 127.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→114.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15827 0 132 0 15959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.302222106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09032520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00652814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.05855857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.030.47761390.45223898X-RAY DIFFRACTION99.07
3.03-3.120.46711410.4533970X-RAY DIFFRACTION99.49
3.12-3.220.46281390.48093913X-RAY DIFFRACTION99.83
3.22-3.330.45681410.44173958X-RAY DIFFRACTION99.73
3.33-3.470.4411400.43113922X-RAY DIFFRACTION99.19
3.47-3.630.4121410.41253965X-RAY DIFFRACTION99.76
3.63-3.820.40211410.38963955X-RAY DIFFRACTION99.93
3.82-4.060.38451420.37453965X-RAY DIFFRACTION99.52
4.06-4.370.34831400.34673938X-RAY DIFFRACTION99.56
4.37-4.810.29431410.31033982X-RAY DIFFRACTION99.45
4.81-5.510.35051420.31533990X-RAY DIFFRACTION99.9
5.51-6.940.36851410.34773960X-RAY DIFFRACTION98.99
6.94-114.650.33781450.30224066X-RAY DIFFRACTION99.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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