[日本語] English
万見
- PDB-6urv: Crystal structure of Yellow Fever Virus NS2B-NS3 protease domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6urv
タイトルCrystal structure of Yellow Fever Virus NS2B-NS3 protease domain
要素
  • NS2B
  • NS3 protease
キーワードVIRAL PROTEIN / Yellow fever / protease / NS3 / flavivirus flaviviruses / YFV / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / methyltransferase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / methylation / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...: / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / methyltransferase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / methylation / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Noske, G.D. / Gawriljuk, V.F.O. / Fernandes, R.S. / Oliva, G. / Godoy, A.S.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/07600-3 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2020
タイトル: Structural characterization and polymorphism analysis of the NS2B-NS3 protease from the 2017 Brazilian circulating strain of Yellow Fever virus.
著者: Noske, G.D. / Gawriljuk, V.O. / Fernandes, R.S. / Furtado, N.D. / Bonaldo, M.C. / Oliva, G. / Godoy, A.S.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NS2B
H: NS3 protease
G: NS2B
E: NS2B
F: NS3 protease
C: NS2B
D: NS3 protease
B: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5248
ポリマ－97,5248
非ポリマー00
水28816
1
A: NS2B
B: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3812
ポリマ－24,3812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9200 Å2
手法PISA
2
H: NS3 protease
G: NS2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3812
ポリマ－24,3812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9320 Å2
手法PISA
3
E: NS2B
F: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3812
ポリマ－24,3812
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
4
C: NS2B
D: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3812
ポリマ－24,3812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.019, 151.670, 60.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.268, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
NS2B


分子量: 6022.470 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S1IYJ2, UniProt: A0A1W6I1A1*PLUS
#2: タンパク質
NS3 protease


分子量: 18358.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A346G7J0, UniProt: A0A1W6I1A1*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.1 M LiCl and 25% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9866 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.2 Å / Num. obs: 22135 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 82.74 Å2 / CC1/2: 0.32 / Net I/σ(I): 7.22
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 2232 / CC1/2: 0.32

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fom

2fom


解像度: 2.9→29.2 Å / SU ML: 0.4792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3922
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 1153 5.28 %
Rwork0.2523 --
obs0.2532 21822 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 98.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5463 0 0 16 5479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00675574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03477603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.68781803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.030.4239980.37252676X-RAY DIFFRACTION99.64
3.03-3.190.35951580.33632599X-RAY DIFFRACTION99.39
3.19-3.390.32911640.33052578X-RAY DIFFRACTION99.13
3.39-3.650.36461460.37932461X-RAY DIFFRACTION94.35
3.65-4.020.35861250.35412469X-RAY DIFFRACTION92.48
4.02-4.60.251830.21172574X-RAY DIFFRACTION99.75
4.6-5.790.23181490.19872625X-RAY DIFFRACTION99.86
5.79-29.70.17681300.17942687X-RAY DIFFRACTION99.82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る