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万見
- PDB-6urs: Sleeping Beauty transposase PAI subdomain mutant - H19Y -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6urs
タイトルSleeping Beauty transposase PAI subdomain mutant - H19Y
要素Sleeping Beauty transposase PAI subdomain
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transposase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BAH domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法溶液NMR / na
データ登録者Nesmelova, I.V. / Leighton, G.O. / Yan, C. / Lustig, J. / Corona, R.I. / Guo, J.T. / Ivics, Z.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM128100 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM112076 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI0844749 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI1356459 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: H19Y mutation in the primary DNA-recognition subdomain of the Sleeping Beauty transposase improves structural stability, transposon DNA-binding and transposition
著者: Nesmelova, I.V. / Leighton, G.O. / Yan, C. / Lustig, J. / Corona, R.I. / Guo, J.T. / Ivics, Z.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sleeping Beauty transposase PAI subdomain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3891
ポリマ－6,3891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Sleeping Beauty transposase PAI subdomain


分子量: 6389.402 Da / 分子数: 1 / 変異: H19Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 遺伝子: GSONMT00045019001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060XYS9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D 1H-15N TOCSY
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-13C NOESY
261isotropic22D 1H-15N HSQC
281isotropic13D HN(CA)CB
271isotropic13D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] pai subdomain mutant, 90% H2O/10% D2O
詳細: 25 mM sodium phosphate buffer / Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: pai subdomain mutant / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
125 mM sodium phosphate buffer25 mMconditions_151 atm278 K
225 mM sodium phosphate buffer DNA TCGGAAGTTTACATACAC25 mMconditions_251 atm308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2
詳細: after water refinemnet in X-PLOR NIH, the structures were further refined to improve side-chain geometry
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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