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- PDB-6uro: Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uro
タイトルCryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex
要素
  • (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit ...) x 2
  • Cleavage stimulation factor subunit 3
  • PAS RNA
  • pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / pre-mRNA 3'-end processing / RNA binding / AAUAAA polyadenylation signal / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / mPSF
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cleavage stimulating factor complex / co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing ...mRNA cleavage stimulating factor complex / co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / postreplication repair / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
mRNA 3'-end-processing protein Rna14-like / Suppressor of forked / Suppressor of forked protein (Suf) / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger ...mRNA 3'-end-processing protein Rna14-like / Suppressor of forked / Suppressor of forked protein (Suf) / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Tetratricopeptide repeat domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / Cleavage stimulation factor subunit 3 / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Macaca mulatta polyomavirus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sun, Y. / Zhang, Y. / Walz, T. / Tong, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Human Pre-mRNA 3'-End Processing Machinery.
著者: Yixiao Zhang / Yadong Sun / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong /
要旨: The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall ...The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall architecture of this machinery remains unclear. CPSF contains two functionally distinct modules: a cleavage factor (mCF) and a polyadenylation specificity factor (mPSF). Here, we have produced recombinant human CPSF and CstF and examined these factors by electron microscopy (EM). We find that mPSF is the organizational core of the machinery, while the conformations of mCF and CstF and the position of mCF relative to mPSF are highly variable. We have identified by cryo-EM a segment in CPSF100 that tethers mCF to mPSF, and we have named it the PSF interaction motif (PIM). Mutations in the PIM can abolish CPSF formation, indicating that it is a crucial contact in CPSF. We have also obtained reconstructions of mCF and CstF77 by cryo-EM, assembled around the mPSF core.
履歴
登録2019年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年11月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.42025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20861
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
B: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
C: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
D: PAS RNA
E: Cleavage stimulation factor subunit 3
F: Cleavage stimulation factor subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,1389
ポリマ－437,9426
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 160 kDa subunit / CPSF 160 kDa subunit


分子量: 161074.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF1, CPSF160 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q10570
#3: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector domain-binding protein 1 / Neb-1 / No arches homolog


分子量: 28417.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O95639

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タンパク質 , 2種, 3分子 BEF

#2: タンパク質 pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / WD repeat-containing protein 33 / WD repeat-containing protein WDC146


分子量: 67546.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR33, WDC146 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9C0J8
#5: タンパク質 Cleavage stimulation factor subunit 3 / CF-1 77 kDa subunit / Cleavage stimulation factor 77 kDa subunit / CstF-77


分子量: 83039.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSTF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12996

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 4分子 D

#4: RNA鎖 PAS RNA


分子量: 14823.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Macaca mulatta polyomavirus 1 (ウイルス)
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complex of human mPSF-PAS RNA-CstF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT
緩衝液成分濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 225000 X / 倍率（補正後）: 46729 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリFitting-ID
4CTFFINDCTF補正
12RELION３次元再構成
19PHENIXモデル精密化1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50092 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
ID詳細
1
2The model went through phenix.refine from the crystal structure(2OOE), but was not manually rebuilt due to lack of sufficient side chain density.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16DNH

6dnh

16DNH1PDBexperimental model
22OOE

2ooe

12OOE2PDBexperimental model
36DNH

6dnh

26DNH1PDBexperimental model
42OOE

2ooe

22OOE2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00922961
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.99131079
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.29513791
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0563379
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073933

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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