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- PDB-6urm: Crystal structure of vaccine-elicited receptor-binding site targe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6urm
タイトルCrystal structure of vaccine-elicited receptor-binding site targeting antibody LPAF-a.01 in complex with Hemagglutinin H1 A/California/04/2009
要素
  • Hemagglutinin
  • The heavy chain of antibody LPAF-a.01
  • The light chain of antibody LPAF-a.01
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Influenza / antibody / receptor-binding site / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Zhou, T. / Cheung, S.F. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Identification and Structure of a Multidonor Class of Head-Directed Influenza-Neutralizing Antibodies Reveal the Mechanism for Its Recurrent Elicitation.
著者: Cheung, C.S. / Fruehwirth, A. / Paparoditis, P.C.G. / Shen, C.H. / Foglierini, M. / Joyce, M.G. / Leung, K. / Piccoli, L. / Rawi, R. / Silacci-Fregni, C. / Tsybovsky, Y. / Verardi, R. / Wang, ...著者: Cheung, C.S. / Fruehwirth, A. / Paparoditis, P.C.G. / Shen, C.H. / Foglierini, M. / Joyce, M.G. / Leung, K. / Piccoli, L. / Rawi, R. / Silacci-Fregni, C. / Tsybovsky, Y. / Verardi, R. / Wang, L. / Wang, S. / Yang, E.S. / Zhang, B. / Zhang, Y. / Chuang, G.Y. / Corti, D. / Mascola, J.R. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. / Lanzavecchia, A. / Zhou, T.
履歴
登録2019年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Hemagglutinin
H: The heavy chain of antibody LPAF-a.01
L: The light chain of antibody LPAF-a.01
C: Hemagglutinin
D: The heavy chain of antibody LPAF-a.01
E: The light chain of antibody LPAF-a.01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,01315
ポリマ－207,2126
非ポリマー1,8019
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.408, 260.836, 66.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 FC

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 56648.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): GNTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A3S7XTA4, UniProt: C3W5S1*PLUS

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抗体 , 2種, 4分子 HDLE

#2: 抗体 The heavy chain of antibody LPAF-a.01


分子量: 24416.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 The light chain of antibody LPAF-a.01


分子量: 22541.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 105分子

#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4 and 23.57% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo jet / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 37436 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 2.034 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.73.20.73314220.5610.4280.8540.71871.8
2.7-2.743.50.6415720.6450.3610.7390.7876.2
2.74-2.83.70.60115930.7530.330.690.80677.2
2.8-2.853.80.52117270.80.2760.5930.93383.6
2.85-2.9240.52418120.7780.2760.5961.00388.9
2.92-2.984.20.48918610.7830.2570.5561.0889.1
2.98-3.064.20.43318720.8260.2280.4931.16390.7
3.06-3.144.20.37819260.90.2020.4321.22595.1
3.14-3.234.10.3318880.9250.1770.3771.44490.4
3.23-3.3440.318770.9240.1610.3421.8491.3
3.34-3.464.40.26519600.950.1390.3011.84695.6
3.46-3.64.60.23320040.9620.120.2642.08496.9
3.6-3.764.50.21620480.9630.1130.2462.27198.6
3.76-3.964.40.18119860.9620.0960.2072.59296.6
3.96-4.214.20.14520080.9760.0790.1662.75697
4.21-4.534.10.11519110.9810.0640.1323.03593.9
4.53-4.993.60.10219200.9830.0620.123.46692
4.99-5.714.60.10820080.9860.0570.1233.12796.9
5.71-7.194.80.1120630.9820.0580.1252.91898.8
7.19-504.20.07619780.9890.0430.0883.42994.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K9O

5k9o


解像度: 2.65→40.063 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 1996 5.35 %
Rwork0.2146 --
obs0.2172 37343 88.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 198.07 Å2 / Biso mean: 66.3948 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→40.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9981 0 113 99 10193
Biso mean--80.22 51.06 -
残基数----1303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.65-2.69880.3592710.3012127545
2.6988-2.77180.31541250.2958219976
2.7718-2.85330.34371340.2791236283
2.8533-2.94540.32031420.2799250089
2.9454-3.05060.33491460.2847259090
3.0506-3.17270.33741500.2698266194
3.1727-3.31710.32151450.2504257090
3.3171-3.49190.28381550.2321273595
3.4919-3.71050.24651560.2214275998
3.7105-3.99670.23421560.2051275297
3.9967-4.39850.24441550.1805275595
4.3985-5.03390.20891480.1651262093
5.0339-6.33810.2351590.1871280398
6.3381-40.0630.23261540.1881276696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.51310.42431.67545.68140.86761.7445-0.16970.43170.5443-0.91670.21221.4308-0.4088-0.3843-0.34371.25320.46640.15840.46880.50570.86-9.57951.834-6.8797
20.1670.9487-0.85058.157-7.93857.8273-0.1780.4630.0125-1.8905-0.28030.30410.7088-0.00290.47891.13810.2045-0.0670.80350.33110.8716-8.884452.2008-9.9588
32.91840.02130.68368.9995-4.06122.60330.20460.32020.353-0.4367-0.23151.2075-0.0722-0.2035-0.01211.30170.26350.29280.49210.0650.675-4.70353.48851.6141
41.1460.739-0.71140.5456-0.52780.49520.24050.36430.0969-1.0619-0.2604-0.1856-0.3117-0.1680.15831.33560.20330.24430.57870.12270.53527.395542.1651-8.6327
55.84315.1345-2.36274.5351-1.97761.5571-0.4240.47010.3931-0.83940.52860.66550.228-0.2277-0.0941.06820.17430.12180.46940.16090.5348-4.894435.6218-2.7463
62.2497-1.38371.56311.63-1.10771.12250.27980.50050.3761-0.0898-0.04050.0597-0.4750.2625-0.09411.28640.18670.30720.5790.18420.593512.768543.689-4.7975
75.6989-1.03830.63421.58161.65242.57490.0612-0.08830.17030.3594-0.0892-0.3215-0.370.4730.02970.8740.05290.07970.36780.05010.421711.684544.81766.2226
80.9905-0.20860.52634.1927-2.89362.83920.09030.22440.3553-0.14880.21640.3516-0.143-0.0702-0.0051.0260.13270.30930.15020.31880.48181.916144.20259.2215
91.80780.63022.37185.153-2.30955.14740.14870.27580.55790.0271-0.1959-0.2028-0.7809-0.28170.09871.01650.18840.35960.47730.17190.67087.128353.9148-5.4953
103.22080.425-0.24325.7263-1.42321.4454-0.2805-0.26010.05550.09870.13690.1213-0.4251-0.11080.14020.82470.08160.01830.29170.05590.43215.588612.258222.5407
111.2942-0.9959-0.07926.6551-2.68622.72220.0513-0.11190.14120.75690.19620.4818-0.5901-0.3207-0.27920.6830.06480.06720.34650.02450.38442.592812.291523.6849
127.8972-0.4063-3.53928.88691.6694.8672-0.35360.898-0.514-1.2503-0.2078-0.8147-0.53930.88470.45130.41590.0041-0.02890.6636-0.05790.348727.3737-17.57038.8135
135.5747-1.1066-0.3791.0771.05382.7529-0.085-0.00260.07410.10820.11950.086-0.4010.0616-0.04770.5362-0.0401-0.01530.24580.04890.258918.0313-10.037616.2159
145.31411.4484-2.91143.63840.58168.4219-0.1242-0.31210.1123-0.1120.4277-0.5972-0.21051.1497-0.2970.42050.0198-0.06740.2662-0.06320.272126.8208-11.474917.9126
152.27972.2805-0.64762.87210.7164.0760.14050.20980.1287-0.21970.09260.26740.0627-0.0217-0.24230.77640.1144-0.07330.28230.06760.48211.183315.32241.1569
162.19291.40280.69782.1712-1.26382.7110.1058-0.02060.0438-0.4067-0.06620.48230.49950.11460.0010.71730.0879-0.10560.27690.08810.5461-0.192314.11951.6262
171.8945-0.57050.23940.43360.65161.9388-0.40170.18980.14430.32480.024-0.0322-0.9729-0.03930.3980.6946-0.0681-0.01940.2412-0.02880.306216.3109-13.9025-0.56
183.816-0.78660.75816.3783-1.6597.15350.09320.0041-0.12730.24220.0786-0.1172-0.0118-0.2539-0.12120.4487-0.00320.00630.2424-0.05790.226514.766-22.38496.7988
193.717-1.179-1.80147.75591.92286.26780.2965-0.1874-0.20171.2749-0.42732.58730.0422-0.71070.10331.43190.11750.70250.46650.01581.2216-14.190444.491831.2235
200.82680.44330.25980.6708-0.71981.7834-0.0255-0.3216-0.36740.79170.45080.96010.0758-0.8967-0.66541.73310.34090.52840.73270.40441.0389-11.132843.291629.1658
211.8844-0.71781.27411.8272-0.90892.0475-0.4207-0.3067-0.29690.924-0.05510.10670.48170.19360.30211.41310.3080.1920.51150.18730.46040.347755.788234.5329
220.6261-0.2770.57881.3295-1.20831.5243-0.0453-0.2884-0.01890.43350.2233-0.12690.5240.33870.22171.49020.54510.28970.30410.48630.48226.56751.143925.7837
232.4080.59851.38911.9812-1.23412.17680.1179-0.274-0.16890.71810.3401-0.06660.05860.00030.18211.67670.50580.32660.4350.34620.51555.978843.678431.3504
242.3923-0.65730.93990.9967-0.66164.2219-0.2177-0.4583-1.17540.69640.03320.14241.3297-0.7298-0.01271.2840.12810.28270.65190.27860.9289-2.497942.213534.4796
253.624-1.28580.54035.5711-2.16913.1334-0.3070.1542-0.4049-0.52840.01630.15510.44060.2330.24920.69570.08280.07790.30480.05630.30124.272181.82595.6286
262.95962.4598-0.6487.9931-1.30111.7771-0.2649-0.1079-0.2938-0.06860.0596-0.0110.31210.40440.20830.49650.1116-0.00080.35920.03410.2495.470986.19217.3657
272.01830.40582.08654.9847-2.00836.99370.0509-1.42630.00641.03830.13390.07060.1108-0.6634-0.15960.70490.1105-0.18240.8506-0.04470.232422.5192114.262624.7528
287.9974-1.07371.15033.5427-0.76234.6009-0.2783-0.39520.0320.0420.2453-0.11240.10950.26260.02190.50820.0165-0.05170.2794-0.00620.177720.5664107.090316.6763
293.71120.4530.87067.34792.36852.05210.039-0.17450.16720.1854-0.39390.40330.4778-0.04390.31640.79720.08190.15630.29280.0910.4024-5.565282.118226.0035
301.78131.90940.10164.37380.46570.0649-0.1133-0.2451-0.1670.1176-0.07580.01310.14270.15870.19630.72840.06390.05630.38190.05310.26013.431895.1226.7301
313.70311.3372-0.85216.4538-0.92023.5462-0.10870.1740.367-0.92790.23370.213-0.6363-0.4475-0.17550.49220.0924-0.05980.4105-0.00340.25729.216119.21925.6382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 57 through 71 )F57 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 72 through 90 )F72 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 90A through 114 )F90
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 115 through 138 )F115 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 139 through 148 )F139 - 148
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 149 through 175 )F149 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 176 through 213 )F176 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 214 through 237 )F214 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 238 through 268 )F238 - 268
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 1 through 52 )H1 - 52
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 53 through 119 )H53 - 119
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 120 through 135 )H120 - 135
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 136 through 175 )H136 - 175
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 176 through 215 )H176 - 215
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 1 through 60 )L1 - 60
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 61 through 105 )L61 - 105
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 106 through 121 )L106 - 121
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 122 through 210 )L122 - 210
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 59 through 71 )C59 - 71
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 72 through 111 )C72 - 111
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 112 through 163 )C112 - 163
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 164 through 228 )C164 - 228
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 229 through 247 )C229 - 247
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 248 through 268 )C248 - 268
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 71 )D1 - 71
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 72 through 119 )D72 - 119
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 120 through 134 )D120 - 134
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 135 through 215 )D135 - 215
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 1 through 47 )E1 - 47
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 48 through 150 )E48 - 150
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 151 through 209 )E151 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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