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- PDB-6uqr: Complex of IgE and Ligelizumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uqr
タイトルComplex of IgE and Ligelizumab
要素
  • IgE
  • Ligelizumab
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-IgE antibody / complex / monoclonal
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / complement activation, classical pathway / FCERI mediated MAPK activation / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / inflammatory response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65029109708 Å
データ登録者Tarchevskaya, S.S. / Kleinboelting, S. / Jardetzky, T.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI115469 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL141493 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The mechanistic and functional profile of the therapeutic anti-IgE antibody ligelizumab differs from omalizumab.
著者: Gasser, P. / Tarchevskaya, S.S. / Guntern, P. / Brigger, D. / Ruppli, R. / Zbaren, N. / Kleinboelting, S. / Heusser, C. / Jardetzky, T.S. / Eggel, A.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ligelizumab
B: IgE
C: Ligelizumab
D: IgE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6936
ポリマ－113,0334
非ポリマー1,6602
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.960, 103.180, 124.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 37 or (resid 38...AA1 - 1171 - 117
121GLUGLUVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 37 or (resid 38...AA144 - 247144 - 247
211GLNGLNTHRTHR(chain 'C' and (resid 1 through 98 or (resid 99...CC1 - 1171 - 117
221GLUGLUVALVAL(chain 'C' and (resid 1 through 98 or (resid 99...CC144 - 247144 - 247
112ARGARGPROPRO(chain 'B' and ((resid 334 and (name N or name...BB334 - 54536 - 247
212ARGARGPROPRO(chain 'D' and (resid 334 through 379 or (resid 380...DD334 - 54536 - 247

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 Ligelizumab


分子量: 28965.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: anti-IgE antibody / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293-6E / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 IgE / Immunoglobulin heavy constant epsilon / Ig epsilon chain C region / Ig epsilon chain C region ND


分子量: 27550.873 Da / 分子数: 2 / Fragment: C3-4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01854
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.2M Na Thiocyanate pH 6.9, 20% PEG3350, 10 mM Spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→47.9 Å / Num. obs: 11282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 112.188066571 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.33 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.65→3.7 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 430 / CC1/2: 0.54 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y7Q, 4F9P

2y7q

4f9p


解像度: 3.65029109708→19.954204639 Å / SU ML: 0.710454924916 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35615677935 / 位相誤差: 35.3580034178
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295281674461 558 5.00807754443 %
Rwork0.290414730496 --
obs0.290662214839 11142 99.9372140999 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 113.182185354 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65029109708→19.954204639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6711 0 111 0 6822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004874243433147025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9358700610699605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05030785559061077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006104737042971217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.16703108994136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6503-4.01490.4159052261991370.3821853592412595X-RAY DIFFRACTION99.8538011696
4.0149-4.58970.3111853920371370.3193557051922603X-RAY DIFFRACTION100
4.5897-5.75940.2922923632071390.2853156467822648X-RAY DIFFRACTION99.9641319943
5.7594-19.95420.2510701404641450.2499193007272738X-RAY DIFFRACTION99.9306759099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.956966369290.958637310531.756930604773.79370337273-3.088838262214.004920623270.4644143699350.2304040211920.2769268849760.01226943232650.1534447406140.7161730835380.655489123320.108632183332-0.4006557906121.110863822770.2955864386230.1224612066760.5454842629390.0656951200571.2132131690923.169762429182.99494986672.07105629717
26.34357053293-0.428946830125-1.044106023982.24305131422.75758502628.071099860080.0600237243365-0.1091144239730.6364891162350.248731427621-0.149886284007-0.03883114567190.7231112788870.62399596264-0.4082688496980.38613715214-0.0216466227796-0.06986830637330.8137625221720.3561342928611.213279258737.5793116146107.2322792018.80685277855
37.560157939751.78218520283-0.6614981324274.17110587149-0.1917807932413.10445017523-0.7732983791370.3102778396910.325750795021-0.7611665052670.1913025531630.263214736416-0.0744788246216-1.091800747890.2179585229111.088744810020.0654449096864-0.382145699260.800385679987-0.03615059660081.24942975845-1.1143970047113.32999537214.0894021871
42.66358407334-1.92621190126-1.246193572.795892936432.230373039623.810816424380.8433726952040.01888679837010.627826832697-0.4121756210780.119242254009-1.36940813793-0.5093944422050.451277717876-0.4841444748810.9197361071-0.2017931431710.06852672366870.6730257225580.2249036509461.7258628527626.3254171184121.7377702868.47385104981
51.712854857950.2956463126850.2397511037182.093356630121.140717335454.15329370568-0.0347982269508-0.1069198142030.0965641635744-0.06671132874650.01475138440180.600575683510.690661421518-0.5117007277060.08331331449220.766260290346-0.1217261433090.1701362102630.658734175910.0571563010541.217720117256.3210505141583.7228888851-20.9033485804
64.66977836973-0.0600292903175-1.995961783912.289734906380.738872066863.046579431520.152920446844-0.841390749508-0.611809924213-0.242706033498-0.4632483056840.1985402069230.404165822845-1.260730642860.1015259742580.755032489519-0.293577807349-0.2448229483361.505526161330.01997047591311.11695354608-4.2772021770597.133941473136.0687917867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 334 through 439)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 440 through 545)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 334 through 439)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 440 through 545)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1 through 247)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 247)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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