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万見
- PDB-6uq9: Crystal structure of R421A variant of cytosolic fumarate hydratas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uq9
タイトルCrystal structure of R421A variant of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania major in a complex with S-malate
要素Fumarate hydratase 2
キーワードLYASE / fumarate hydratase / fumarase / Leishmania major / substrate / variant R421A / S-malate
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding ...fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron-dependent fumarate hydratase / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase alpha-type, catalytic domain / : / Fumarate hydratase (Fumerase) / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain superfamily / Fumarase C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / IRON/SULFUR CLUSTER / Fumarate hydratase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.
資金援助 ブラジル, 米国, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/22246-4 ブラジル
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural and Biochemical Investigations of the [4Fe-4S] Cluster-Containing Fumarate Hydratase fromLeishmania major.
著者: Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate hydratase 2
B: Fumarate hydratase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9187
ポリマ－132,8552
非ポリマー1,0645
水11,548641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area33950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.756, 84.802, 240.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...
21(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 5464 - 90
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA5591
13ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
14ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
15ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
16ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
17ASPASPALAALA(chain A and (resid 28 through 54 or (resid 55...AA28 - 56864 - 604
21ASPASPHISHIS(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 4364 - 79
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB4480
23ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
24ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
25ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
26ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604
27ASPASPALAALA(chain B and (resid 28 through 43 or (resid 44...BB28 - 56864 - 604

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要素

#1: タンパク質 Fumarate hydratase 2 / LmFH-2


分子量: 66427.352 Da / 分子数: 2 / 変異: R421A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: FH2, LMJF_29_1960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AE57, fumarate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 12% v/v PEG3350, 10 mM ammonium citrate tribasic, 16 mM sodium acetate trihydrate, 20 mM sodium formate, 6.4 mM ammonium tartrate dibasic, 12 mM S-malate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 59015 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.776 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 59015 / CC1/2: 0.776

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5L2R

5l2r


解像度: 2.304→49.01 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 2944 5 %
Rwork0.142 --
obs0.1444 58834 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.58 Å2 / Biso mean: 25.1856 Å2 / Biso min: 9.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.304→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8146 0 40 643 8829
Biso mean--21.03 32.49 -
残基数----1064
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3120X-RAY DIFFRACTION4.472TORSIONAL
12B3120X-RAY DIFFRACTION4.472TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.304-2.34160.25081250.1812235387
2.3416-2.3820.24631310.1721250394
2.382-2.42530.22481340.1646255093
2.4253-2.47190.21031330.1627251394
2.4719-2.52240.22871330.163251593
2.5224-2.57720.21661380.1571262697
2.5772-2.63720.23321390.1572265098
2.6372-2.70310.22051400.1513266299
2.7031-2.77620.20581400.1555265499
2.7762-2.85790.22861430.1583271899
2.8579-2.95010.22951400.1475267199
2.9501-3.05550.19061430.14242696100
3.0555-3.17780.181410.1392269899
3.1778-3.32240.20571410.1368266298
3.3224-3.49760.1731440.13072741100
3.4976-3.71660.16291440.12012746100
3.7166-4.00350.16511440.12052728100
4.0035-4.40610.13381460.11352763100
4.4061-5.04310.14851420.1144272198
5.0431-6.35170.16711480.16362808100
6.3517-49.010.20781550.1631291298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.5019 Å / Origin y: -12.505 Å / Origin z: 32.7429 Å
111213212223313233
T0.1014 Å2-0.01 Å2-0.0177 Å2-0.1465 Å2-0.0261 Å2--0.1209 Å2
L0.3741 °2-0.0863 °20.101 °2-0.5379 °20.0533 °2--0.5734 °2
S-0.0181 Å °0.0135 Å °0.0184 Å °-0.0005 Å °-0.0163 Å °-0.0297 Å °-0.0257 Å °0.0102 Å °0.0272 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA28 - 568
2X-RAY DIFFRACTION1allB28 - 568
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 737
6X-RAY DIFFRACTION1allE1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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