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- PDB-6ups: Crystal structure of the deubiquitylase domain from the Orientia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ups
タイトルCrystal structure of the deubiquitylase domain from the Orientia tsutsugamushi protein OTT_1962 (OtDUB)
要素ULP_PROTEASE domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / deubiquitylase / Orientia / CE clan
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / RickCE-like, catalytic domain / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protease family profile domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Orientia tsutsugamushi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ronau, J.A. / Lim, C.S. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI116313 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM046904 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM053756 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A deubiquitylase with an unusually high-affinity ubiquitin-binding domain from the scrub typhus pathogen Orientia tsutsugamushi.
著者: Berk, J.M. / Lim, C. / Ronau, J.A. / Chaudhuri, A. / Chen, H. / Beckmann, J.F. / Loria, J.P. / Xiong, Y. / Hochstrasser, M.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ULP_PROTEASE domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5971
ポリマ－29,5971
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.787, 43.093, 58.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ULP_PROTEASE domain-containing protein


分子量: 29597.367 Da / 分子数: 1 / 断片: deubiquitylase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orientia tsutsugamushi (strain Ikeda) (バクテリア)
株: Ikeda / 遺伝子: OTT_1962 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B3CVM3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M ammonium iodide, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18794 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1895 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 11.782 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.165
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 919 4.9 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs0.2092 17880 92.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.93 Å2 / Biso mean: 38.339 Å2 / Biso min: 17.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→34.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 0 80 2006
Biso mean---42.92 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.6332639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5511.5724279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2215243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.65825.85999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.27615348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.635156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02330
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 67 -
Rwork0.306 1331 -
all-1398 -
obs--95.17 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.76 Å / Origin y: 2.523 Å / Origin z: 28.79 Å
111213212223313233
T0.1062 Å20.0222 Å20.0602 Å2-0.0083 Å20.0187 Å2--0.0775 Å2
L0.49 °20.0837 °20.1132 °2-0.8458 °2-0.0955 °2--1.0022 °2
S-0.0511 Å °-0.0484 Å °-0.0536 Å °-0.0711 Å °-0.0076 Å °-0.0366 Å °0.0085 Å °0.0024 Å °0.0587 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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