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- PDB-6upd: Structure of trehalose-6-phosphate phosphatase from Salmonella ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6upd
タイトルStructure of trehalose-6-phosphate phosphatase from Salmonella typhimurium in complex with trehalose
要素Trehalose-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / HAD Superfamily / Rossmann fold / sugar binding
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose-phosphatase / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Trehalose 6-phosphate OTSB-like / Trehalose-phosphatase / Trehalose-phosphatase / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / Trehalose-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Harvey, C.M. / O'Toole, K.H. / Allen, K.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI127623 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Binding Determinants ofSalmonella typhimuriumTrehalose-6-phosphate Phosphatase Using Ground-State Complexes.
著者: Harvey, C.M. / O'Toole, K.H. / Liu, C. / Mariano, P. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2019年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose-phosphate phosphatase
B: Trehalose-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3978
ポリマ－58,5932
非ポリマー8046
水2,504139
1
A: Trehalose-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6984
ポリマ－29,2961
非ポリマー4023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Trehalose-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6984
ポリマ－29,2961
非ポリマー4023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.767, 52.955, 108.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trehalose-phosphate phosphatase / TPP / Trehalose 6-phosphate phosphatase / Trehalose-phosphatase


分子量: 29296.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: otsB, SL1344_1863 / プラスミド: pET15bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1WGG9, trehalose-phosphatase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 % / 解説: rod
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Drop Contained: 2 uL 40 mg/mL protein, 2 uL reservoir solution (16% PEG 3350, 450 mM lithium citrate and 10 mM magnesium chloride) and 0.5 uL 1:10^3 dilution of seed stock prepared according ...詳細: Drop Contained: 2 uL 40 mg/mL protein, 2 uL reservoir solution (16% PEG 3350, 450 mM lithium citrate and 10 mM magnesium chloride) and 0.5 uL 1:10^3 dilution of seed stock prepared according to the Seed Bead protocol. Crystals were transferred to a drop containing 35% PEG 3350, 166 mM lithium citrate, 166 mM magnesium chloride, 10% ethylene glycol and 50 mM trehalose for 30 minutes prior to cryocooling.

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→106.9 Å / Num. obs: 32534 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 117234 / Scaling rejects: 76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.113.60.859809822700.5770.5191.0071.288.8
8.95-106.93.40.03914524330.9970.0250.04628.899.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.15 Å106.9 Å
Translation6.15 Å106.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6upb

6upb


解像度: 2.052→53.451 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 2016 6.21 %
Rwork0.2182 30467 -
obs0.221 32483 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.09 Å2 / Biso mean: 48.6048 Å2 / Biso min: 20.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.052→53.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 50 139 3961
Biso mean--52.97 45.96 -
残基数----492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0523-2.10360.36671290.3594190687
2.1036-2.16050.39431450.33652182100
2.1605-2.22410.33981520.29922219100
2.2241-2.29590.3721360.27812179100
2.2959-2.37790.271480.26032175100
2.3779-2.47320.30171400.2484219399
2.4732-2.58570.26671440.24572198100
2.5857-2.7220.27821440.25192181100
2.722-2.89260.30691440.22712210100
2.8926-3.11590.30121450.239221099
3.1159-3.42940.25741440.2201216599
3.4294-3.92550.26571470.1987220798
3.9255-4.94520.21211480.1741217498
4.9452-53.450.21791500.1908226898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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