PDB-6unw: Epoxide hydrolase from an endophytic Streptomyces

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6unw

タイトル

Epoxide hydrolase from an endophytic Streptomyces

要素

Soluble epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / biocatalysis

機能・相同性

CACODYLATE ION

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. CBMAI 2042 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Wilson, C. / dos Santos, J.C. / Dias, M.V.B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: An epoxide hydrolase from endophytic Streptomyces shows unique structural features and wide biocatalytic activity.
著者: Tormet-Gonzalez, G.D. / Wilson, C. / de Oliveira, G.S. / Dos Santos, J.C. / de Oliveira, L.G. / Dias, M.V.B.

履歴

登録	2019年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6unw.cif.gz	403.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6unw.ent.gz	330.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6unw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6unw_validation.pdf.gz	262.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6unw_full_validation.pdf.gz	262.5 KB	表示
XML形式データ	6unw_validation.xml.gz	1.4 KB	表示
CIF形式データ	6unw_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6unw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6unw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e3jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5c16-d 2exj-d 1yi7-d 2447 4nu7-4 2exh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Soluble epoxide hydrolase

B: Soluble epoxide hydrolase

C: Soluble epoxide hydrolase

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Soluble epoxide hydrolase

B: Soluble epoxide hydrolase

C: Soluble epoxide hydrolase

ヘテロ分子

A: Soluble epoxide hydrolase

B: Soluble epoxide hydrolase

C: Soluble epoxide hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
231 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.733, 106.733, 233.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH
2	1	A-668- HOH
3	1	C-617- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))
2	1	(chain B and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))
3	1	(chain C and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain A and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	A	A	16 - 255	16 - 255
1	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	A	A	257 - 334	257 - 334
1	3	CAC	CAC	CAC	CAC	(chain A and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	A	D	401
2	1	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain B and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	B	B	16 - 255	16 - 255
2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	B	B	257 - 334	257 - 334
2	3	CAC	CAC	CAC	CAC	(chain B and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	B	H	401
3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain C and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	C	C	16 - 255	16 - 255
3	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	C	C	257 - 334	257 - 334
3	3	CAC	CAC	CAC	CAC	(chain C and (resid 16 through 255 or resid 257 through 334 or resid 401))	C	J	401

#1: タンパク質	Soluble epoxide hydrolase 分子量: 38246.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. CBMAI 2042 (バクテリア) 遺伝子: STAN_0072 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆AsO₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.45 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→48.52 Å / Num. obs: 67798 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 17.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 21.2 / Num. measured all: 1184544 / Scaling rejects: 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.21-2.26	11.9	1.242	50856	4280	0.706	0.365	1.297	2.1	95
10.37-48.52	14.2	0.035	11154	786	0.999	0.009	0.037	54.3	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	18.1-3865	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.2.8	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2E3J

2e3j

解像度: 2.21→48.52 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	3267	5.06 %
R_work	0.1867	61290	-
obs	0.1887	64557	94.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.22 Å² / B_iso mean: 39.8035 Å² / B_iso min: 18.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→48.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7477	0	20	593	8090
B_iso mean	-	-	61.43	41.57	-
残基数	-	-	-	-	973

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2904	X-RAY DIFFRACTION	8.693	TORSIONAL
1	2	B	2904	X-RAY DIFFRACTION	8.693	TORSIONAL
1	3	C	2904	X-RAY DIFFRACTION	8.693	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.21-2.24	0.3401	148	0.2796	2520	2668	93
2.24-2.28	0.3259	164	0.2685	2763	2927	100
2.28-2.32	0.4603	121	0.4425	2066	2187	75
2.32-2.36	0.7722	59	0.6414	1026	1085	38
2.36-2.4	0.451	110	0.3808	2103	2213	77
2.4-2.45	0.2467	141	0.23	2777	2918	100
2.45-2.5	0.3179	142	0.2106	2766	2908	100
2.5-2.55	0.2681	136	0.2079	2789	2925	100
2.55-2.61	0.2919	136	0.2077	2788	2924	100
2.61-2.68	0.2318	164	0.2024	2765	2929	100
2.68-2.75	0.2636	159	0.1981	2785	2944	100
2.75-2.83	0.2313	145	0.2053	2779	2924	100
2.83-2.92	0.2375	151	0.1947	2762	2913	100
2.92-3.02	0.2361	165	0.1923	2800	2965	100
3.02-3.15	0.2231	144	0.1832	2818	2962	100
3.15-3.29	0.1731	147	0.1707	2792	2939	100
3.29-3.46	0.1976	147	0.1637	2808	2955	100
3.46-3.68	0.2076	137	0.1526	2833	2970	100
3.68-3.96	0.1707	145	0.1459	2854	2999	100
3.96-4.36	0.1672	150	0.1417	2822	2972	100
4.36-4.99	0.1735	145	0.141	2888	3033	100
4.99-6.28	0.2111	158	0.1708	2934	3092	100
6.29-48.52	0.1989	153	0.1754	3052	3205	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.9343 Å / Origin y: 31.1737 Å / Origin z: 4.9466 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1927 Å²	0.016 Å²	0.013 Å²	-	0.2323 Å²	0.0381 Å²	-	-	0.2475 Å²
L	0.416 °²	-0.0179 °²	0.0178 °²	-	0.8666 °²	0.0295 °²	-	-	0.3909 °²
S	0.0279 Å °	0.0486 Å °	-0.0738 Å °	-0.0478 Å °	-0.0474 Å °	-0.188 Å °	0.0539 Å °	0.0847 Å °	0.0213 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	14 - 348
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	14 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	401
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	16 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	401
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 636
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 5

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)