PDB-6un9: Crystal Structure of the Q7VLF5_HAEDU protein from Haemophilus du...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6un9

タイトル

Crystal Structure of the Q7VLF5_HAEDU protein from Haemophilus ducreyi. Northeast Structural Genomics Consortium Target Hdr25

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / Q7VLF5_HAEDU / HDR25 / PSI-Biology

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1043 / Z-ring associated protein G-like / Domain of unknown function DUF29 / regulation of cell shape / cell division / plasma membrane / Z-ring associated protein G

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus ducreyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Kolev, M. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Q7VLF5_HAEDU protein from Haemophilus ducreyi. Northeast Structural Genomics Consortium Target Hdr25
著者: Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Kolev, M. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

履歴

登録	2019年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6un9.cif.gz	129.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6un9.ent.gz	102.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6un9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6un9_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6un9_full_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示
XML形式データ	6un9_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	6un9_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wj1-d 4gdo-d 1329 3b8p-2 4wy4-d 2d42-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: HDR25

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

51.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, monodisperse

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.609, 70.609, 504.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-209- HOH
2	1	A-215- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 12918.530 Da / 分子数: 4 / 変異: I51M, L72M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (バクテリア) 遺伝子: HD_1495 / プラスミド: HdR25.012 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): + MAGIC / 参照: UniProt: Q7VLF5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月12日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→60 Å / Num. obs: 33685 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 34.6 % / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.173 / Χ²: 1.186 / Net I/σ(I): 4.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.8-2.9	19.9	0.909	1509	0.93	0.186	0.931	0.658	80.2
2.9-3.02	31.7		1907	0.975	0.215		0.696	99.1
3.02-3.15	36.1	0.884	1910	0.999	0.147	0.897	0.739	99.8
3.15-3.32	38.2	0.892	1927	0.994	0.144	0.904	0.743	100
3.32-3.53	39.1	0.653	1967	0.992	0.104	0.661	0.79	100
3.53-3.8	32.1	0.379	1855	0.993	0.068	0.385	2	95.8
3.8-4.18	38.5	0.192	1974	0.998	0.031	0.195	1.13	100
4.18-4.79	37.8	0.11	1995	1	0.018	0.112	1.061	100
4.79-6.03	36.6	0.093	2065	1	0.016	0.094	1.26	99.9
6.03-60	32.4	0.061	2286	1	0.01	0.062	2.521	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17rc5_3630	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→49.44 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3734	3294	10.07 %
R_work	0.2957	29430	-
obs	0.3032	32724	94.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 203.59 Å² / B_iso mean: 95.332 Å² / B_iso min: 36.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→49.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2200	0	0	48	2248
B_iso mean	-	-	-	71.6	-
残基数	-	-	-	-	269

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8-2.84	0.385	94	0.3374	818	912	63
2.84-2.88	0.3817	115	0.3481	948	1063	76
2.88-2.93	0.4039	152	0.338	1307	1459	98
2.93-2.98	0.4101	136	0.3297	1253	1389	98
2.98-3.03	0.369	147	0.3067	1297	1444	99
3.03-3.08	0.3539	147	0.3153	1280	1427	98
3.08-3.14	0.4446	145	0.2978	1285	1430	99
3.14-3.2	0.4282	135	0.3021	1303	1438	98
3.21-3.27	0.3679	136	0.311	1248	1384	99
3.28-3.35	0.4135	147	0.3003	1326	1473	100
3.35-3.43	0.4721	143	0.3221	1253	1396	100
3.43-3.53	0.4864	152	0.4202	1345	1497	100
3.53-3.63	0.6737	118	0.5239	1033	1151	83
3.63-3.75	0.5822	100	0.5407	921	1021	70
3.75-3.88	0.455	146	0.3347	1288	1434	100
3.88-4.04	0.3642	133	0.3037	1200	1333	93
4.04-4.22	0.3043	145	0.2405	1309	1454	100
4.22-4.44	0.3118	147	0.2425	1307	1454	100
4.44-4.72	0.2737	144	0.2116	1297	1441	100
4.72-5.09	0.3047	140	0.2187	1261	1401	98
5.09-5.6	0.3529	142	0.2665	1253	1395	98
5.6-6.41	0.4348	146	0.3268	1324	1470	100
6.41-8.06	0.3086	141	0.289	1283	1424	100
8.07-49.44	0.2867	143	0.215	1291	1434	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4683	0.2887	0.974	0.5286	0.8196	2.4736	0.3759	-0.0436	-0.1266	0.0895	-0.4201	0.058	0.0358	-0.4834	-0.0019	1.5661	0.1185	-0.1998	0.6659	-0.1227	0.3529	-2.201	11.1016	243.7046
2	0.606	0.1824	0.7601	0.4244	0.2503	1.4214	0.336	0.1288	-0.1297	0.0846	-0.2253	0.0606	0.1753	0.3681	-0.094	1.4173	-0.2921	-0.2808	0.8088	-0.0261	0.2466	9.2116	15.0273	268.0499
3	1.1339	0.4577	0.9705	0.4274	0.2029	2.0922	0.2425	0.2047	-0.0229	-0.1594	-0.2509	-0.0163	-0.4065	-0.159	0.062	1.5496	-0.1796	-0.0937	0.915	-0.1719	0.2537	2.2524	22.2425	266.5809
4	0.7645	0.2993	1.1524	0.7276	0.7997	1.993	0.1642	-0.1299	-0.0538	-0.0073	-0.2841	0.0386	-0.2592	0.4742	-0.1825	1.485	0.1055	-0.1063	1.048	-0.0908	0.2479	3.4845	17.5229	240.3911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 99 )	A	31 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 34 through 101 )	B	34 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 34 through 100 )	C	34 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 32 through 98 )	D	32 - 98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)