[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6un9: Crystal Structure of the Q7VLF5_HAEDU protein from Haemophilus du... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6un9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Q7VLF5_HAEDU protein from Haemophilus ducreyi. Northeast Structural Genomics Consortium Target Hdr25 | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / Q7VLF5_HAEDU / HDR25 / PSI-Biology | ||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF1043 / Z-ring associated protein G-like / membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Haemophilus ducreyi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Kolev, M. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Q7VLF5_HAEDU protein from Haemophilus ducreyi. Northeast Structural Genomics Consortium Target Hdr25 Authors: Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Kolev, M. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6un9.cif.gz | 125.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6un9.ent.gz | 104.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6un9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6un9_validation.pdf.gz | 459.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6un9_full_validation.pdf.gz | 466.6 KB | Display | |
Data in XML | 6un9_validation.xml.gz | 12.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6un9_validation.cif.gz | 16.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 12918.530 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: I51M, L72M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus ducreyi (bacteria) / Gene: HD_1495 / Plasmid: HdR25.012 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): + MAGIC / References: UniProt: Q7VLF5 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.7 Å3/Da / Density % sol: 65.46 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / Details: 2.0 M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→60 Å / Num. obs: 33685 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 34.6 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 1.186 / Net I/σ(I): 4.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.8→49.44 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 40.67 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 203.59 Å2 / Biso mean: 95.332 Å2 / Biso min: 36.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→49.44 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|