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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6umy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96(4-IF) construct | ||||||
![]() | Photoactive yellow protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Boxer, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and spectroscopic characterization of photoactive yellow protein and photoswitchable fluorescent protein constructs containing heavy atoms. 著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Boxer, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 644.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 645.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14296.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pyp / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HC4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 mM potassium phosphate, pH 6.0, 1 M NaCl, 1.9 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.88557 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.92→33.07 Å / Num. obs: 67974 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 24.648 % / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 32.27 / Num. measured all: 1675455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1NWZ 解像度: 0.923→33.07 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.57
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.74 Å2 / Biso mean: 12.8196 Å2 / Biso min: 4.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.923→33.07 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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