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- PDB-6uls: BRD4-BD1 in complex with the a diacetylated-E2F1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uls
タイトルBRD4-BD1 in complex with the a diacetylated-E2F1 peptide
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Diacetylated E2F1 Peptide (K117ac and K120ac)
キーワードTRANSCRIPTION / BET / bromodomain / E2F1 / BRD4 / acetylated
機能・相同性
機能・相同性情報


Rb-E2F complex / negative regulation of fat cell proliferation / lens fiber cell apoptotic process / negative regulation of DNA binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to fatty acid / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / quinolinate biosynthetic process ...Rb-E2F complex / negative regulation of fat cell proliferation / lens fiber cell apoptotic process / negative regulation of DNA binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to fatty acid / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / quinolinate biosynthetic process / anoikis / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / mRNA stabilization / DNA-binding transcription activator activity / G2 Phase / negative regulation of fat cell differentiation / nuclear chromosome / G1/S-Specific Transcription / histone H4K8ac reader activity / forebrain development / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / positive regulation of glial cell proliferation / host-mediated suppression of viral transcription / histone H4K16ac reader activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / cellular response to nerve growth factor stimulus / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / RNA polymerase II transcription regulator complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / sequence-specific double-stranded DNA binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / spermatogenesis / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / centrosome / DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I ...E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4 / Transcription factor E2F1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Patel, K. / Low, J.K.K. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1161623 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: BET-Family Bromodomains Can Recognize Diacetylated Sequences from Transcription Factors Using a Conserved Mechanism.
著者: Patel, K. / Solomon, P.D. / Walshe, J.L. / Ford, D.J. / Wilkinson-White, L. / Payne, R.J. / Low, J.K.K. / Mackay, J.P.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Diacetylated E2F1 Peptide (K117ac and K120ac)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2472
ポリマ－18,2472
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.309, 50.350, 54.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 17200.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド Diacetylated E2F1 Peptide (K117ac and K120ac)


分子量: 1046.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01094*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MMT pH 7.0, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.31 Å / Num. obs: 21857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 11.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1070 / CC1/2: 0.982

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LYI

4lyi


解像度: 1.5→36.9 Å / SU ML: 0.1484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.258
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1210 5.55 %
Rwork0.1702 --
obs0.172 21804 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1109 0 1 155 1265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00841152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97711566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1428705
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.560.25411400.21332233X-RAY DIFFRACTION99.87
1.56-1.630.21071330.1862259X-RAY DIFFRACTION99.92
1.63-1.720.19521450.16422223X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.820.18281620.1642234X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.970.20471110.15612291X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.160.1991290.1572288X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.480.22381050.16612321X-RAY DIFFRACTION100
2.48-3.120.18961440.17482305X-RAY DIFFRACTION100
3.12-36.90.20941410.17282440X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.38801381525-5.792606047474.840290449357.80185722233-6.029224212316.63901332250.2050224638420.460057805764-0.0691947930954-0.382751568037-0.157509370590.01762084504630.4156131829740.36555661838-0.1273976682860.1821577947540.04428194281970.02379894985580.222602589725-0.02074517187470.12442468436515.4581928302-9.27507522468-23.8139453012
24.71410281852-4.52666751761-0.8118188852927.007400249563.122101387093.51080120612-0.0961253680721.010621476240.0578164566492-0.423273444875-0.0900875587017-0.106495334955-0.277807989994-0.1215457748580.1624177836380.247890069228-0.0413130536535-0.004436150650920.3020886982520.01632999575030.123444520575-0.928043374126-2.9218655581-32.1691615353
34.3737898276-1.644754209851.072565497062.450070712770.03086746745656.30709656093-0.03584027838610.0619102094835-0.1179554087250.05561246678940.0984517237440.222544577452-0.0951499324805-0.118750854886-0.1174939961190.09018617823220.006415209978820.01391742488090.0527579853290.024234623430.0824675725764-5.09214514509-0.00473653600923-19.3133878053
44.39924824771-0.5166255449672.645254142680.986967926008-0.8277046712842.36466865369-0.104560031192-0.1449564772080.4388969613420.0262013628999-0.0134807130502-0.0749790600167-0.356477828123-0.130616921590.1143404845940.1177941087420.0123558634381-0.003150467465020.0648802127201-0.0209131341150.1258779425523.49294812278-0.35018033443-7.91862370083
51.76384672599-0.989234224083-0.7356330238453.794243449020.7493595656085.933528955220.117485387325-0.1777021517160.25378750078-0.04910647949220.176145460245-0.290155471767-0.1948870715630.237402396632-0.2639978201170.08134860355-0.0110885738128-0.01096469725680.0832500700651-0.0199333609210.12455449608114.6413104111-5.73054757418-9.85682349904
68.132836754950.6163175911121.627430211040.757851926585-1.035837318292.38042560453-0.276737414121-0.7407926283330.5830350259720.2052288934690.0512810033423-0.516873635405-0.160892329327-0.0278898932690.1523582828540.1283813124730.0905322111314-0.06381217367470.352361970414-0.1271849666440.26058317745324.2874668182-13.6187475239-9.20109064637
73.31480762217-1.645572996481.900248552832.09161184557-2.063630027422.924690431310.03780645390860.114848294737-0.0154528513471-0.119746997925-0.04514626722060.02905212331040.1319636102740.06377351442290.00771899116420.0916618914088-0.008519246428310.0157315344160.0806869583896-0.01508545051430.06486011481138.41476344614-9.22460166767-20.1654813771
83.56658337751-2.391520429042.261713744112.62305479799-2.792800525384.965866543760.04560260909110.0107160693115-0.111793939416-0.1855422210970.1285110657740.1329496467010.152912632755-0.163794385289-0.1913850501480.104409188002-0.02958196386450.002568125224180.06897019923490.001961204515820.08979147930713.894998416-13.7966839255-14.4532664782
93.913862570182.98142916145-4.070339169457.902754132731.505306627518.01244268710.014951259989-0.145423344725-0.3003611020630.371019700921-0.109768509536-0.1784916811150.4730098832220.1253430582530.07577694625350.109719912338-0.000704614760618-0.01360238525070.0932988237240.02547949152430.094463416463912.1096631663-18.2596811270.199315698106
106.70687940527-1.766185182843.44631127882.74301840927-1.804090675394.727819792760.04026299963550.0329766194012-0.01515715609140.02680754499640.1028274311290.226932938718-0.0642741571836-0.148390585982-0.1730265549730.0909352624505-0.01654599133640.02604243063790.057366460302-0.003294996792080.0840467312995-1.54147793047-8.39867267442-6.61728135689
112.78411937297-1.03795831479-0.2399016711033.277384984910.9787708229253.15839549675-0.0113221423181-0.127408915751-0.01074499498240.08108668908020.123506420098-0.2369348834270.09515128689170.0453340660758-0.1500789189840.08433587848590.00390484762686-0.01246527551110.09569841938640.002494485694760.11458534172216.2284607913-9.01070303808-0.552121694162
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2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 80 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 81 through 88 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 89 through 96 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 97 through 121 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 122 through 139 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 140 through 144 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 145 through 166 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 2 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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