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- PDB-6ul7: Structure of human ketohexokinase-C in complex with fructose, NO3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ul7
タイトルStructure of human ketohexokinase-C in complex with fructose, NO3, and osthole
要素Ketohexokinase
キーワードTRANSFERASE / beta-clasp / sugar kinase / PfKB family / KHK / ketohexokinase / fructose / osthole
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion ...Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / : / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
7-methoxy-8-(3-methylbut-2-enyl)chromen-2-one / beta-D-fructofuranose / NITRATE ION / Ketohexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gasper, W.C. / Gardner, S. / Allen, K.N. / Tolan, D.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human ketohexokinase-C in complex with fructose, NO3, and osthole
著者: Gasper, W.C. / Gardner, S. / Ross, A. / Allen, K.N. / Tolan, D.R.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2204
ポリマ－34,7331
非ポリマー4863
水3,585199
1
A: Ketohexokinase
ヘテロ分子

A: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4408
ポリマ－69,4672
非ポリマー9736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4380 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.870, 106.870, 79.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-476-

HOH

21A-478-

HOH

31A-591-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ketohexokinase / Hepatic fructokinase / Ketohexokinase-C


分子量: 34733.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-A0O / 7-methoxy-8-(3-methylbut-2-enyl)chromen-2-one / オスト-ル


分子量: 244.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C15H16O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate, 1.3 M potassium nitrate, 100 mM magnesium chloride, 220 mM fructose, 3.8 mM osthole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.79 Å / Num. obs: 20332 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 46.4 % / Biso Wilson estimate: 33.25 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 1568 / CC1/2: 0.83 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SADABSデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SAINTデータ削減
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3Q92

3q92


解像度: 2.3→47.79 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 1765 -
Rwork0.2291 --
obs-20007 95.74 %
原子変位パラメータBiso max: 78.55 Å2 / Biso mean: 33.252 Å2 / Biso min: 12.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 34 199 2509
LS精密化 シェル解像度: 2.3001→2.3823 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3456 -
Rwork0.3419 -
obs-1834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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