PDB-6uke: HhaI endonuclease in Complex with Iodine-Labelled DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uke

タイトル

HhaI endonuclease in Complex with Iodine-Labelled DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*(5IT)P*TP*GP*CP*GP*CP*TP*(5IT)P*GP*GP*A)-3')
DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*G)-3')
HhaI Restriction Endonuclease

キーワード

HYDROLASE/DNA / restriction / modification / protein-DNA complex / iodine phasing / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

ACETATE ION / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structure of HhaI endonuclease with cognate DNA at an atomic resolution of 1.0 angstrom.
著者: Horton, J.R. / Yang, J. / Zhang, X. / Petronzio, T. / Fomenkov, A. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Cheng, X.

履歴

登録	2019年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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類似構造データ	6ukf-d 6ukh-d 5azb-d 5itu-2 3uze-1 1c08-d 1ca1-d 6q3x-2 6teq-1 1ic4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/745 / データの種類: diffraction image data / 詳細: X-Ray Diffraction data from HhaI/DNA (w-IodineU)

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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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#131 - 2010年11月
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

X: HhaI Restriction Endonuclease

A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*(5IT)P*TP*GP*CP*GP*CP*TP*(5IT)P*GP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

39.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.890, 37.193, 68.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.796, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質	HhaI Restriction Endonuclease 分子量: 29977.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア) 遺伝子: HMPREF1050_0931 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3DBY6, 加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPCPCPAPAPGPCPGPCPAPAPCPG)-3') 分子量: 3945.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Haemophilus parahaemolyticus* (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGP(5IT)PTPGPCPGPCPTP(5IT)PGPGPA)-3') 分子量: 4222.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Haemophilus parahaemolyticus* (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 226分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 35% v/v 2-propanol, 0.1 M sodium phosphate dibasic / citric acid, pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→28.65 Å / Num. obs: 69465 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 17.8 % / B_iso Wilson estimate: 11.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / R_merge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2133 / CC_1/2: 0.667 / R_pim(I) all: 0.413

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JDirector		データ収集
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.62→28.65 Å / SU ML: 0.1599 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7017

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	3451	4.97 %
R_work	0.1714	-	-
obs	0.173	69465	96.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→28.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2073	527	90	203	2893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	2824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9574	3891
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0551	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.8701	1059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.64	0.301	80	0.311	1442	X-RAY DIFFRACTION	54.38
1.64-1.67	0.3069	102	0.2848	2074	X-RAY DIFFRACTION	74.62
1.67-1.69	0.2938	131	0.2553	2473	X-RAY DIFFRACTION	88.84
1.69-1.72	0.2507	138	0.2432	2575	X-RAY DIFFRACTION	95.9
1.72-1.75	0.2573	138	0.2173	2673	X-RAY DIFFRACTION	96.07
1.75-1.78	0.2455	145	0.2074	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.78-1.81	0.2269	143	0.1935	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.81-1.84	0.2277	142	0.1982	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.84-1.88	0.2111	143	0.1814	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.88-1.92	0.1998	144	0.1773	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.92-1.97	0.1939	144	0.1675	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.97-2.01	0.1767	141	0.1659	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.01-2.07	0.2438	149	0.1753	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.07-2.13	0.1979	138	0.1681	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.2	0.2301	145	0.1568	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.2-2.28	0.2137	140	0.1557	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.37	0.1697	146	0.1628	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.48	0.2094	143	0.1635	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.61	0.1987	142	0.1645	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.77	0.1784	147	0.1596	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.98	0.227	143	0.1599	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.28	0.1875	144	0.1515	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.76	0.164	143	0.1447	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.73	0.1594	141	0.1451	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-28.65	0.2306	139	0.1858	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.92960159628	7.52481056904	-3.5717892423	8.77936847782	-3.68075672483	1.9657556412	0.12266962241	-0.308803432996	-0.0906907055282	0.136250574708	-0.258786394064	-0.246947097683	-0.0366004126499	0.209970897577	0.134486549356	0.10747512509	0.0147334797709	-0.01467928564	0.105257583944	0.0280200598598	0.0714203204257	27.1216568214	1.67379951924	62.9515091383
2	5.31676696133	-0.506488516729	-0.184578617369	2.92200524074	0.695588158996	4.0659818866	-0.0295085630132	0.344976918563	0.193637303932	-0.313794878133	-0.0146023961556	-0.448847756162	-0.177915412488	0.498027835246	0.0402607212341	0.146943331656	-0.00322900270902	0.0374565978735	0.114684113157	0.0194606481619	0.151416852521	23.3277097804	-4.14872988757	52.0481535041
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'X' and (resid 1 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'X' and (resid 19 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'X' and (resid 43 through 96 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'X' and (resid 97 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'X' and (resid 166 through 198 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'X' and (resid 199 through 227 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'X' and (resid 228 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1 through 13 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 13 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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