PDB-6ukc: Crystal structure of a lysozyme from Litopenaeus vannamei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ukc

タイトル

Crystal structure of a lysozyme from Litopenaeus vannamei

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / Litopenaeus vannamei / lysozyme / Innate immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Penaeus vannamei (甲殻類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Hernandez-Santoyo, A. / Rodriguez-Romero, A.

引用

ジャーナル: Fish Shellfish Immunol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a C-type lysozyme from Litopenaeus vanamei exhibiting a high binding constant to its chitotriose inhibitor.
著者: Vargas-Requena, C.L. / Rodriguez-Romero, A. / Garcia-Ramirez, B. / Sotelo-Mundo, R.R. / Hernandez-Santoyo, A.

履歴

登録	2019年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ukc.cif.gz	44.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ukc.ent.gz	28.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ukc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/6ukc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/6ukc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ul3C 1lsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k45-d 4m2x-2 6cwl-2 4ih2-d 4m2x-3 4lag-d 3ihw-d 6vv8-2 4lae-d 3lon-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.368, 82.368, 38.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 16741.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penaeus vannamei (甲殻類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95V66, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: HEPES 0.1M, pH 7.5, 20 (w/v) PEG 10,000%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月24日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→41.18 Å / Num. obs: 6270 / % possible obs: 86.16 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å / Num. unique obs: 6275 / CC_1/2: 0.993

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LSY

1lsy

解像度: 2.25→35.692 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 6.762 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.52 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	622	9.92 %
R_work	0.1998	-	-
all	0.204	-	-
obs	-	6270	86.162 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.065 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.268 Å²	-0.134 Å²	0 Å²
2-	-	-0.268 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.871 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→35.692 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1084	0	6	66	1156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	980
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.198	0.01	82
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.646	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.382	1.594	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.681	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.047	21.389	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.192	15	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.238	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.025	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.66	2.314	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.659	2.31	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.614	3.461	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.612	3.465	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.995	2.549	584
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.993	2.553	585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.16	3.714	838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.158	3.718	839
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.68	42.407	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.654	42.39	4660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.309	0.392	46	0.286	445	X-RAY DIFFRACTION	89.7623
2.309-2.372	0.261	46	0.254	418	X-RAY DIFFRACTION	91.5187
2.372-2.441	0.262	46	0.224	407	X-RAY DIFFRACTION	89.881
2.441-2.516	0.244	46	0.22	417	X-RAY DIFFRACTION	92.9719
2.516-2.598	0.334	37	0.212	392	X-RAY DIFFRACTION	88.4536
2.598-2.689	0.248	41	0.207	351	X-RAY DIFFRACTION	86.918
2.689-2.791	0.267	39	0.199	347	X-RAY DIFFRACTION	87.7273
2.791-2.904	0.281	34	0.214	336	X-RAY DIFFRACTION	87.6777
2.904-3.033	0.261	39	0.187	325	X-RAY DIFFRACTION	86.052
3.033-3.181	0.208	34	0.185	300	X-RAY DIFFRACTION	88.1266
3.181-3.353	0.212	32	0.187	298	X-RAY DIFFRACTION	87.766
3.353-3.556	0.202	35	0.188	260	X-RAY DIFFRACTION	81.9444
3.556-3.8	0.252	23	0.176	241	X-RAY DIFFRACTION	78.806
3.8-4.104	0.193	24	0.179	216	X-RAY DIFFRACTION	77.4193
4.104-4.494	0.277	22	0.162	205	X-RAY DIFFRACTION	78.8194
4.494-5.022	0.176	23	0.164	196	X-RAY DIFFRACTION	83.27
5.794-7.085	0.407	18	0.212	155	X-RAY DIFFRACTION	83.9806

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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