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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ujz | ||||||
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タイトル | HIV-1 wild-type reverse transcriptase-DNA complex with (+)-FTC-TP | ||||||
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![]() | Viral Protein/DNA / HIV-1 reverse transcriptase NRTI polymerase DNA complex / VIRAL PROTEIN / Viral Protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lansdon, E.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Elucidating molecular interactions ofL-nucleotides with HIV-1 reverse transcriptase and mechanism of M184V-caused drug resistance. 著者: Hung, M. / Tokarsky, E.J. / Lagpacan, L. / Zhang, L. / Suo, Z. / Lansdon, E.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 241 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 817.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 837.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 65887.328 Da / 分子数: 1 / 変異: Q845C,C867S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51382.984 Da / 分子数: 1 / 変異: C867S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#3: DNA鎖 | 分子量: 6360.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 8448.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 51分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/N8G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/N8G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 化合物 | ChemComp-N8G / [[( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2% PEG 4000, 100mM MES pH 6.0, 10mM magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 47323 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 60.077967744 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.886 / Num. unique obs: 4516 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3KK1 解像度: 2.5564255195→47.3428641098 Å / SU ML: 0.36764792705 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33937601348 / 位相誤差: 26.3274335792
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.4463326859 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5564255195→47.3428641098 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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