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- PDB-6ujy: HIV-1 wild-type reverse transcriptase-DNA complex with (-)-3TC-TP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ujy
タイトルHIV-1 wild-type reverse transcriptase-DNA complex with (-)-3TC-TP
要素
  • p51 Reverse transcriptase/RNaseH
  • p66 Reverse transcriptase/RNaseH
  • primer DNA
  • template DNA
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 reverse transcriptase NRTI polymerase DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lamivudine Triphosphate / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59456090099 Å
データ登録者Lansdon, E.B.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Elucidating molecular interactions ofL-nucleotides with HIV-1 reverse transcriptase and mechanism of M184V-caused drug resistance.
著者: Hung, M. / Tokarsky, E.J. / Lagpacan, L. / Zhang, L. / Suo, Z. / Lansdon, E.B.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p66 Reverse transcriptase/RNaseH
B: p51 Reverse transcriptase/RNaseH
P: primer DNA
T: template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7648
ポリマ－132,0794
非ポリマー6864
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13120 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area45730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.702, 169.479, 102.766
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-804-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 p66 Reverse transcriptase/RNaseH / Exoribonuclease H / p66 RT


分子量: 65887.328 Da / 分子数: 1 / 変異: Q845C,C867S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 Reverse transcriptase/RNaseH / Exoribonuclease H / p51 RT


分子量: 51382.984 Da / 分子数: 1 / 変異: C867S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 primer DNA


分子量: 6360.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: DNA鎖 template DNA


分子量: 8448.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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非ポリマー , 4種, 193分子

#5: 化合物 ChemComp-1RZ / Lamivudine Triphosphate / Lamivudine-5'-triphosphate / 3TC Triphosphate / [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / 3TCTP


分子量: 469.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N3O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% PEG 4000, 100mM MES pH 6.0, 10mM magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59456→50 Å / Num. obs: 45025 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 40.7332583871 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.497 / Num. unique obs: 2238

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KK1

3kk1


解像度: 2.59456090099→47.4573444442 Å / SU ML: 0.312528286529 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33556055346 / 位相誤差: 26.0151723808
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233541891499 3363 4.79914377453 %
Rwork0.177288485104 --
obs0.17995419765 41844 80.4766006316 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.9837094387 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59456090099→47.4573444442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7709 820 38 189 8756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009425987902518893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1861219826112250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04754614018051333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006306749920811391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.32828675413413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5946-2.63160.379284856387540.2344306011256X-RAY DIFFRACTION36.2378976487
2.6316-2.67090.355168626347830.215576070161509X-RAY DIFFRACTION43.4616434616
2.6709-2.71260.350423527643770.2253907913091661X-RAY DIFFRACTION48.3449235049
2.7126-2.75710.3130263036661050.2378490012861820X-RAY DIFFRACTION52.2813688213
2.7571-2.80460.324897889119990.2293281283741991X-RAY DIFFRACTION58.1363004172
2.8046-2.85560.3045743140081120.2508471644092173X-RAY DIFFRACTION63.0170987314
2.8556-2.91050.2828397867411150.2389145656122370X-RAY DIFFRACTION68.4007707129
2.9105-2.96990.3127814643431300.2343622410782465X-RAY DIFFRACTION71.4285714286
2.9699-3.03450.3176512742811250.2345723343892586X-RAY DIFFRACTION75.4942912838
3.0345-3.10510.2751905032631500.2339085539722778X-RAY DIFFRACTION80.5723720418
3.1051-3.18270.2809080201041530.2224705586192913X-RAY DIFFRACTION84.6026490066
3.1827-3.26880.286969591151560.2104750918233021X-RAY DIFFRACTION87.4724669604
3.2688-3.36490.2356228336491580.1952063960523107X-RAY DIFFRACTION90.5184363737
3.3649-3.47350.2366640148511540.1923947130193243X-RAY DIFFRACTION93.017524644
3.4735-3.59760.2547571751131630.1912017185663270X-RAY DIFFRACTION94.4689047881
3.5976-3.74160.2640220304881640.1819940240063341X-RAY DIFFRACTION96.9303097345
3.7416-3.91180.2556356272071710.1694714953613353X-RAY DIFFRACTION97.8073827366
3.9118-4.11790.2036764123531710.1545673726913457X-RAY DIFFRACTION98.8825292995
4.1179-4.37580.1901804227881810.1424585993423399X-RAY DIFFRACTION99.1140642303
4.3758-4.71330.1976250210761570.1413321915823393X-RAY DIFFRACTION97.6884975234
4.7133-5.18710.2094201332311700.136176853483428X-RAY DIFFRACTION99.3099641181
5.1871-5.93650.2342500224971710.1557045104013421X-RAY DIFFRACTION99.1443555065
5.9365-7.47470.1725987483731790.1690999224793397X-RAY DIFFRACTION98.4310487201
7.4747-47.45730.1743312648321650.1604678749863360X-RAY DIFFRACTION96.9471947195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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