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万見
- PDB-6uje: Crystal structure of the Clostridial cellulose synthase subunit Z... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uje
タイトルCrystal structure of the Clostridial cellulose synthase subunit Z (CcsZ) from Clostridioides difficile
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / glycosyl / biofilm / cellulose / GH8
機能・相同性: / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase / cellulase activity / Glycoside hydrolase superfamily / membrane => GO:0016020 / Endoglucanase H
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Scott, W. / Lowrance, B. / Anderson, A.C. / Weadge, J.T.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)229971 カナダ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Identification of the Clostridial cellulose synthase and characterization of the cognate glycosyl hydrolase, CcsZ.
著者: Scott, W. / Lowrance, B. / Anderson, A.C. / Weadge, J.T.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4112
ポリマ－38,3711
非ポリマー401
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.950, 45.630, 59.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 38371.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: celH / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5Q9L120*PLUS, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細There is no UniProt sequence available at the time of processing. The deposited sequence ...There is no UniProt sequence available at the time of processing. The deposited sequence corresponds to the GenBank entry WP_077724661.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 200 mM calcium acetate, and 25% (v/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.041 Å / Num. obs: 30543 / % possible obs: 96.85 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08211 / Rpim(I) all: 0.04558 / Rrim(I) all: 0.09426 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 3.627 / Mean I/σ(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 2983 / CC1/2: 0.208 / Rpim(I) all: 1.99 / Rrim(I) all: 4.149 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MrBUMP位相決定
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AMD

3amd


解像度: 1.75→43.041 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1508 4.99 %
Rwork0.2268 28696 -
obs0.2285 30204 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.53 Å2 / Biso mean: 44.2239 Å2 / Biso min: 23.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→43.041 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2550 0 1 120 2671
Biso mean--30 45.59 -
残基数----301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.75-1.80650.59341190.5363228886
1.8065-1.87110.39671370.4235258397
1.8711-1.9460.44491370.3752260197
1.946-2.03460.37921370.3495261397
2.0346-2.14180.38951350.2963259197
2.1418-2.2760.32831390.2841262997
2.276-2.45170.27291370.2441261799
2.4517-2.69840.23981400.2357266799
2.6984-3.08880.26711390.2236264799
3.0888-3.89120.2361420.1957269699
3.8912-43.0410.19921460.1754276499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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