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- PDB-6uie: Structure of the cytoplasmic domain of the T3SS sorting platform ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uie
タイトルStructure of the cytoplasmic domain of the T3SS sorting platform protein PscK from P. aeruginosa
要素Type III export protein PscK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PscK / type III secretion apparatus protein
機能・相同性Type III secretion system, secretion protein K / YOP proteins translocation protein K (YscK) / protein secretion by the type III secretion system / Type III export protein PscK
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Muthuramalingam, M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI123351 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146517 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: The Structures of SctK and SctD from Pseudomonas aeruginosa Reveal the Interface of the Type III Secretion System Basal Body and Sorting Platform.
著者: Muthuramalingam, M. / Whittier, S.K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Tachiyama, S. / Johnson, D.K. / Picking, W.L. / Picking, W.D.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III export protein PscK
B: Type III export protein PscK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4653
ポリマ－48,4292
非ポリマー351
水00
1
A: Type III export protein PscK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2502
ポリマ－24,2151
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type III export protein PscK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2151
ポリマ－24,2151
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.722, 81.733, 96.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Type III export protein PscK


分子量: 24214.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pscK / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3) / 参照: UniProt: Q9I313
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (w/v) PEG 1500, 100 mM Tris, 100 mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.9 Å / Num. obs: 28173 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 63 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.6664.42.00811734718230.9763.3100
8.83-48.956.20.093244614350.9993599.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17rc2_3615精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4A0E

4a0e


解像度: 2.55→48.9 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 36.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2936 1329 4.72 %
Rwork0.2359 26844 -
obs0.2388 28173 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.45 Å2 / Biso mean: 61.4759 Å2 / Biso min: 28.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2745 0 1 0 2746
Biso mean--71.2 --
残基数----366
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.650.40911450.31882979312499
2.65-2.770.32951740.26682926310099
2.77-2.920.40551380.273430113149100
2.92-3.10.30171580.263929903148100
3.1-3.340.36961090.254330013110100
3.34-3.680.36911460.23729813127100
3.68-4.210.24711450.218129933138100
4.21-5.30.23651480.207629983146100
5.3-48.90.26651660.2329653131100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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