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- PDB-6uhi: Closed-form Crystal Structure of Chimera Bt-hRyR_12 from Bacteroi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uhi
タイトルClosed-form Crystal Structure of Chimera Bt-hRyR_12 from Bacteroides thetaiotaomicron /human
要素Ryanodine receptor 1 chimera
キーワードMETAL TRANSPORT / Chimera Ryanodine Receptor / Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482/human / Alpha Fold / PSI-BIOLOGY / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


junctional sarcoplasmic reticulum membrane / calcium-induced calcium release activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / I band / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to caffeine / ossification involved in bone maturation / skin development ...junctional sarcoplasmic reticulum membrane / calcium-induced calcium release activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / I band / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to caffeine / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / organelle membrane / smooth endoplasmic reticulum / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / release of sequestered calcium ion into cytosol / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / muscle contraction / calcium channel activity / cytoplasmic vesicle membrane / Stimuli-sensing channels / sarcolemma / Z disc / calcium ion transport / cell cortex / protein homotetramerization / calmodulin binding / response to hypoxia / calcium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily ...Ryanodine receptor 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1 / Ryanodine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Wu, R. / Jedrzejczak, R. / KIm, Y. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Closed-form Crystal Structure of Chimera Bt-hRyR_12 from Bacteroides thetaiotaomicron /human
著者: Wu, R. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9182
ポリマ－25,8261
非ポリマー921
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.913, 51.913, 85.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 1 chimera / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal ...RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Type 1 ryanodine receptor


分子量: 25825.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2247, RYR1, RYDR / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8A5J2, UniProt: P21817
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Sodium Citrate:citric Acid pH 5.5, 40% (v/v) PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 5563 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.875 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 37471
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.88-2.934.80.5552050.9640.2420.6081.23274
2.93-2.984.70.5972040.9480.2610.6550.8872.6
2.98-3.044.90.5732620.9390.2480.6280.96484.2
3.04-3.14.60.5712620.9180.2610.6320.96891.9
3.1-3.175.40.4792760.980.2150.5280.95796.2
3.17-3.245.50.7282990.8730.3260.8010.88698.7
3.24-3.326.70.4322820.980.1790.4680.94699.3
3.32-3.416.90.2912830.9960.1180.3150.912100
3.41-3.517.30.3212970.9870.1270.3460.967100
3.51-3.637.40.1522930.9970.060.1640.955100
3.63-3.767.50.1742990.9960.0680.1870.933100
3.76-3.917.60.1492870.9970.0580.160.946100
3.91-4.097.60.1082890.9960.0420.1160.947100
4.09-4.37.60.0883060.9960.0350.0950.885100
4.3-4.577.50.062870.9990.0240.0650.809100
4.57-4.927.60.0572830.9960.0220.0610.717100
4.92-5.427.50.0572960.9960.0220.0610.673100
5.42-6.27.60.0472990.9960.0180.0510.608100
6.2-7.817.60.0422900.9950.0170.0450.588100
7.81-506.90.042640.9930.0160.0431.13888.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ERV

4erv


解像度: 2.88→44.96 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 6.83 / 位相誤差: 24.2845
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 181 4.76 %
Rwork0.2274 3624 -
obs0.235 3805 65.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→44.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1536 0 6 15 1557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00281574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53682123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0378225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.6463624
LS精密化 シェル最高解像度: 2.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 181 -
Rwork0.2306 3449 -
obs--65.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62488674041-1.766336914171.990061169642.38136585087-1.490397313981.962565161840.111597724911-0.181756657978-0.2688678502510.2899388141690.0483835052549-0.1177158815430.3240692997280.1391731559540.2355227621350.7689023006530.3067970115770.1186105513330.2808023814850.1933047264980.3154699870586.15924927205-13.7722843075-11.5834911641
20.832019553424-0.1677195472640.5897671617470.7433587015050.1516704080010.524863106206-0.3049485821670.1325320072560.2147200260010.184434516319-0.194990033651-0.264253698854-0.2380707819910.0539213436174-0.2681536269070.152949975535-0.22714229813-0.0881650683230.293010094432-0.0143381258780.2061953639968.468737599547.58770852366-14.7963374379
30.07386514111660.0413050130265-0.04715337927670.1062364921370.02474175510820.0694054465204-0.109436572403-0.15136797499-0.09664513411320.03937946652730.19677953939-0.1008461233150.2052918783490.2438575608740.04137716359970.3993290089770.02183071035780.163701951890.826194997444-0.2193210695110.56316318273625.17828138199.423427757-13.3013420102
40.6036646823580.1269667644120.05872044669480.4735086662120.1227959708880.6553161136730.05235507410780.129352572882-0.1446185520390.04866951528540.0937820688445-0.2316450515780.06130655323610.3508880471890.309355444195-0.403558045257-0.0401340368866-0.175902450010.2782153381360.1368437805850.1572439085766.96250452092-2.67511832883-15.9463280774
50.2627388524660.202560179691-0.2404053455840.347228550082-0.1065417672410.4441827710950.07127075690910.02695590010720.324861208159-0.0124013846008-0.1844297193560.0442312207501-0.4223656666140.195329381943-0.06657664877520.313339616496-0.1026195053550.1239719093040.370451848240.01657101585820.424896895267-1.116393865347.55844800256-10.8618879433
60.4747458256410.369638201486-0.1001990029890.3402882055-0.04022660459820.99715477118-0.1744990305090.1091188033620.00828764468593-0.262499415932-0.0309646456947-0.2491832516420.2545724259610.567277705158-0.02740740427180.390907511610.01256455283740.0630695140490.2872832040620.08898968369520.16409413505712.7464415353-5.38403046159-5.7094495706
71.128902825070.457836837749-1.489593748870.196906788236-0.6325398107612.03415037528-0.06940888013030.324407751420.00515583537162-0.242465897225-0.1206636788610.018308116690.195314430313-0.01377969804450.0762034818250.43963614075-0.107941642444-0.03687044239870.8721975632240.1732786760680.50867197928423.0310054641-9.03773009261-3.96403581992
80.8509397345820.661733657241-0.5134907017861.57070694397-0.6987541475850.9756590463430.134889082757-0.252470604767-0.01037415827340.145864317974-0.0749047511366-0.0773971258892-0.06021780685010.1108625592050.07210074682760.176138630921-0.3557953943710.1103982679360.3205655426770.1549818141410.3773546386411.05404643270.485670330597-0.1520708223
90.2057152084920.06861803919580.3998275807720.511578941741-0.3736890127371.2903742533-0.0478569878133-0.02792763601240.2431487837090.01949225981720.00703915771982-0.189629473512-0.06798204313680.05294367649020.1015632757130.1090016785240.177886450695-0.1099719131610.151436609789-0.004131369260790.2685241218020.01385501570316.90699932798-9.46828606893
101.099535356520.560354741027-0.5065589469281.95947961594-1.172012672190.7370357110790.05651631995080.0130662166552-0.078684405682-0.04434545720370.121362826130.175915805028-0.00232733619326-0.163058017092-0.01883041009940.1699633166390.213365413955-0.2066346713230.498919761142-0.1833275519320.262582407261-10.0183241996-1.22865999639-7.84906726632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 44 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 71 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 72 through 92 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 93 through 128 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 129 through 170 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 171 through 185 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 186 through 198 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 199 through 206 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 207 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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