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- PDB-6uha: Open-form Crystal Structure of Human RYR Receptor 3 ( 848-1055) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uha
タイトルOpen-form Crystal Structure of Human RYR Receptor 3 ( 848-1055)
要素Ryanodine receptor 3
キーワードMETAL TRANSPORT / Type 3 Ryanodine Receptor / Alpha Fold / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to caffeine / cellular response to ATP / smooth endoplasmic reticulum / intracellularly gated calcium channel activity / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol ...calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to caffeine / cellular response to ATP / smooth endoplasmic reticulum / intracellularly gated calcium channel activity / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / Stimuli-sensing channels / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ryanodine receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.855 Å
データ登録者Wu, R. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Open-form Crystal Structure of Human RYR Receptor 3 ( 848-1055)
著者: Wu, R. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ryanodine receptor 3
A: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4943
ポリマ－48,3882
非ポリマー1061
水54030
1
B: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1941
ポリマ－24,1941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3002
ポリマ－24,1941
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.495, 94.495, 116.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

-
要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 3 / RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / Type 3 ...RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / Type 3 ryanodine receptor


分子量: 24194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RYR3, HBRR / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q15413
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG3350 15%, protein in co-crystallization with 30mM Caffeine and 10mM ATP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 11458 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 50.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.737 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 31797
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.92.60.6685700.4980.4910.8340.9198.8
2.9-2.952.70.5196050.5930.3780.6460.91298.1
2.95-3.012.70.4445640.7110.3190.550.79998.1
3.01-3.072.60.3455930.7170.2560.4330.80697.9
3.07-3.142.60.3145660.7660.2310.3920.77796.3
3.14-3.212.70.2285640.8490.1660.2840.63496.9
3.21-3.292.80.2125980.8970.1490.2610.70798.2
3.29-3.382.80.1535830.9250.1070.1880.73498
3.38-3.482.80.1145790.950.0780.1390.58598.5
3.48-3.592.80.0865910.9630.060.1060.55797.7
3.59-3.722.70.0735760.9640.0510.0890.46997.8
3.72-3.872.60.0655680.9740.0460.080.5195.6
3.87-4.042.80.0535780.9820.0350.0640.4495.7
4.04-4.262.90.0465740.9820.0290.0550.43896.5
4.26-4.522.90.0465630.9750.0310.0560.45296.2
4.52-4.872.80.045690.9880.0270.0480.38895
4.87-5.362.80.0375650.9850.0250.0450.39793.1
5.36-6.1430.0385550.9780.0240.0460.6693.1
6.14-7.732.80.0375490.9830.0230.0440.38890.9
7.73-5030.0445480.970.0290.0533.05387.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4REV

4rev


解像度: 2.855→47.248 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 520 4.82 %
Rwork0.2226 10264 -
obs0.2248 10784 90.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.95 Å2 / Biso mean: 51.3049 Å2 / Biso min: 10.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.855→47.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3343 0 7 30 3380
Biso mean--58.9 36.95 -
残基数----412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9014638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.9571338
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.855-3.14220.4171320.296216977
3.1422-3.59670.31861110.2505274996
3.5967-4.53090.23881320.2083272896
4.5309-47.2480.22411450.1976261891
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0005-0.00730.02180.0285-0.03920.0110.18090.0066-0.0933-0.13570.00570.06050.118-0.040400.30940.1226-0.2295-0.10690.3963-0.125170.737-1.99128.941
20.00850.0190.00720.00980.0050.00620.06090.0708-0.06490.0584-0.05540.10320.1348-0.1684-00.2041-0.0988-0.00060.09240.09020.335359.2524.31529.324
3-0.0023-0.0088-0.00310.0077-0.01730.00870.0474-0.01890.011-0.01170.0331-0.0391-0.01420.031300.36520.0068-0.15570.24350.07230.174881.8274.26837.414
40.0008-0.0016-0.00130.0020.0023-0.0008-0.0041-0.0055-0.0180.0230.02310.0085-0.001-0.007600.25540.07720.11820.226-0.01060.490859.39919.94736.309
50.0006-0.00610.006-0.00330.00370.00460.0322-0.00820.01280.06480.03060.02890.012-0.001-00.3007-0.1334-0.05830.13940.10840.11774.06513.41233.213
6-0.00150.00480.0005-0.0012-0.00860.00570.0493-0.01440.0090.0010.01490.0144-0.00080.040800.0907-0.1114-0.23720.0414-0.2062-0.187277.2740.0117.665
7-0.00090.00120.0026-0.0014-0.0034-0.0008-0.0086-0.0123-0.04330.06770.0196-0.00320.0257-0.01060-0.028-0.0046-0.46330.11460.0699-0.318860.844-7.18410.584
8-0.0001-0.00090.00130.0019-0.00020.00140.01230.03580.03250.016-0.0176-0.0028-0.00560.0333-00.27160.00860.09720.3350.09540.455.7981.0384.893
90.0007-0.00040.00230.0003-0.00230.00060.0367-0.00620.01490.01530.07010.0317-0.0289-0.0043-00.05720.206-0.10490.06340.04860.038768.7571.7597.152
10-0.0031-0.00270.00130.00720.00990.0048-0.11490.0325-0.1146-0.0117-0.0851-0.005-0.0450.0212-00.47810.0778-0.4786-0.01170.24480.030677.7075.50424.618
110.03140.0252-0.03340.0091-0.02290.01290.3179-0.09690.22220.05280.0198-0.0005-0.06910.011800.25960.02030.04610.21680.07190.248969.99547.51730.499
120.0057-0.0077-0.0030.0032-0.0062-0.0038-0.0009-0.0320.00440.0101-0.04260.03920.022-0.046-00.53010.1362-0.06370.50210.09160.815452.38337.41530.068
130.0012-0.0006-0.0033-0.0049-0.00270.00630.0437-0.0381-0.0015-0.0511-0.0230.0787-0.0010.0001-00.33030.06250.43880.04110.17670.157867.7951.80630.914
14-0.0150.0245-0.0027-0.0013-0.0178-0.00460.10610.0454-0.029-0.05960.0459-0.0025-0.04530.0695-00.3609-0.01330.25090.13260.2836-0.010378.58139.7322.591
150.000300.00220.00080.00010.0001-0.01480.0032-0.0022-0.0047-0.00130.01170.0154-0.013700.23570.0847-0.16810.19140.00550.313457.93929.88523.796
16-0.00040.00280.0022-0.00450.00180.00220.03350.027-0.0311-0.02570.02360.02640.015-0.027600.27450.08350.12830.13270.06990.118879.29134.37728.638
17-0.0066-0.0206-0.0065-0.0283-0.02570.01380.1089-0.05720.0167-0.063-0.08520.0070.043-0.00520-0.3903-0.07660.88420.21670.1185-0.873171.10649.94445.069
180.00020.0007-0.00370.0022-0.00050.0020.0491-0.0281-0.02-0.03330.01160.0040.00970.0339-00.1519-0.0529-0.10430.12290.08980.296155.90846.23855.113
19-0.0081-0.0041-0.0079-0.01030.02340.00860.1837-0.2571-0.0495-0.1409-0.04290.01060.1589-0.0621-0-0.020.24190.4597-0.0596-0.2591-0.277975.6743.10540.251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 849:884 )B849 - 884
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 885:932 )B885 - 932
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 933:951 )B933 - 951
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 952:961 )B952 - 961
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 962:976 )B962 - 976
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 977:995 )B977 - 995
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 996:1005 )B996 - 1005
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 1006:1015 )B1006 - 1015
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1016:1026 )B1016 - 1026
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 1027:1054 )B1027 - 1054
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 850:887 )A850 - 887
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 888:912 )A888 - 912
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 913:932 )A913 - 932
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 933:955 )A933 - 955
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 956:965 )A956 - 965
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 966:976 )A966 - 976
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 977:1005 )A977 - 1005
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 1006:1015 )A1006 - 1015
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1016:1055 )A1016 - 1055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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