PDB-4rev: Structure of the dirigent protein DRR206

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rev

タイトル

Structure of the dirigent protein DRR206

要素

Disease resistance response protein 206

キーワード

PLANT PROTEIN / beta-barrel / stereoselective coupling / coniferyl alcohol

機能・相同性

Dirigent protein / Dirigent-like protein / Allene oxide cyclase/Dirigent protein / phenylpropanoid biosynthetic process / apoplast / defense response / 2,3-DIMETHYLIMIDAZOLIUM ION / Disease resistance response protein 206

機能・相同性情報

生物種

Pisum sativum (エンドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Kim, K.-Y. / Smith, C.A. / Merkley, E.D. / Cort, J.R. / Davin, L.B. / Lewis, N.G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Trimeric Structure of (+)-Pinoresinol-forming Dirigent Protein at 1.95 angstrom Resolution with Three Isolated Active Sites.
著者: Kim, K.W. / Smith, C.A. / Daily, M.D. / Cort, J.R. / Davin, L.B. / Lewis, N.G.

履歴

登録	2014年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rev.cif.gz	120.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rev.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rev_validation.pdf.gz	467.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rev_full_validation.pdf.gz	475.3 KB	表示
XML形式データ	4rev_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	4rev_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4rev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4rev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5rau-2 4ly1-3 5iwy-2 5rad-1 5rab-2 1u3p-1 2fqe-d 6xdm-3 5rb7-1 3auk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Disease resistance response protein 206

B: Disease resistance response protein 206

ヘテロ分子

36.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Disease resistance response protein 206

ヘテロ分子

A: Disease resistance response protein 206

ヘテロ分子

A: Disease resistance response protein 206

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Disease resistance response protein 206

ヘテロ分子

B: Disease resistance response protein 206

ヘテロ分子

B: Disease resistance response protein 206

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.416, 88.416, 196.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-203- CL
2	1	B-204- CL
3	1	A-304- HOH
4	1	A-306- HOH
5	1	B-306- HOH

#1: タンパク質	Disease resistance response protein 206 / Dirigent protein PI206 分子量: 18236.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13240
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DMI / 2,3-DIMETHYLIMIDAZOLIUM ION / 2,3-ジメチル-1H-イミダゾ-ル-3-イウム分子量: 97.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉N₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 4% 1-butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate (w/v), 0.1M Bis-Tris propane pH 7.8, and 35% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98093 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98093 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→38.5 Å / Num. all: 21935 / Num. obs: 21935 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 39.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→35.001 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.83 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2572	1134	5.18 %	random
R_work	0.2029	-	-	-
obs	0.2055	21887	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2056	0	21	45	2122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2140
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.36	2890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.605	711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9501-2.0388	0.3044	142	0.2445	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0388-2.1463	0.2994	168	0.2351	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1463-2.2808	0.2911	150	0.2142	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2808-2.4568	0.2707	116	0.2113	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.704	0.2991	148	0.2139	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.704-3.0951	0.2274	147	0.2063	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0951-3.8986	0.2097	143	0.1906	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8986-35.0069	0.2756	120	0.1983	2737	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0922	0.6248	0.3216	2.7665	0.7876	0.714	0.2122	-0.2879	-0.5568	0.7935	-0.1294	-0.3937	0.2908	0.1619	0.089	0.4608	-0.0441	-0.0873	0.5182	0.1316	0.4363	-32.7158	-30.5368	2.9691
2	2.9262	-0.2982	0.524	5.0594	0.574	3.7019	0.0698	-0.4339	-0.2535	0.6591	-0.3019	-0.6637	-0.1851	0.7829	0.195	0.2869	0.0001	-0.1082	0.4328	-0.0199	0.3965	-29.0504	-20.931	7.6776
3	8.0874	2.6403	-1.7309	5.1313	-0.8138	8.4917	0.1255	-0.0759	0.1575	0.204	-0.0445	-0.368	0.0425	0.4466	0.0056	0.2547	0.0177	-0.0559	0.293	-0.0299	0.3028	-33.3297	-21.0345	-0.6964
4	6.388	-1.2236	2.724	3.7827	-0.1475	6.3185	0.0529	-0.1617	-0.4981	0.3689	-0.0012	-0.467	0.1335	0.6982	-0.0204	0.2508	0.0018	-0.0192	0.3834	0.0493	0.3297	-30.4248	-25.6256	-3.7368
5	2.4723	-0.6605	0.8106	1.2804	-0.0532	1.4289	0.0303	0.4784	-0.8079	-0.3271	-0.1602	-0.1869	0.2001	0.0914	0.0476	0.5766	-0.1324	0.0722	0.3806	-0.123	0.418	-1.192	-12.5636	22.469
6	6.9447	2.5627	-0.8509	4.732	-2.5034	6.0598	-0.198	0.7544	-0.7029	-0.1287	-0.134	-0.0387	0.1789	-0.8083	0.5023	0.4604	-0.0866	-0.0618	0.5359	-0.1914	0.4407	-11.4823	-11.5797	17.1683
7	2.3623	-0.1229	1.4547	7.571	-1.1819	7.5131	0.039	0.2327	-0.1388	-0.1916	-0.0087	0.1434	0.347	-0.3677	0.143	0.3177	-0.0413	-0.0344	0.3418	-0.056	0.1881	-8.5374	-7.5806	24.903
8	3.5976	1.0873	1.6393	3.5996	1.7458	6.1903	0.0757	0.3779	-0.6266	-0.0655	0.0901	0.0066	0.767	0.1221	-0.1486	0.4009	0.0047	-0.0153	0.3072	-0.0325	0.2976	-6.1702	-12.2741	27.8494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 74 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 135 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 184 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 74 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 75 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 110 through 135 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 138 through 184 )

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