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- PDB-6uh3: Crystal structure of bacterial heliorhodopsin 48C12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uh3
タイトルCrystal structure of bacterial heliorhodopsin 48C12
要素Heliorhodopsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Heliorhodopsin / bacterium
機能・相同性Heliorhodopsin / Heliorhodopsin / membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PALMITIC ACID / RETINAL / Heliorhodopsin
機能・相同性情報
生物種Actinobacteria bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lu, Y. / Zhou, X.E. / Gao, X. / Xia, R. / Xu, Z. / Wang, N. / Leng, Y. / Melcher, K. / Xu, H.E. / He, Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of heliorhodopsin 48C12.
著者: Lu, Y. / Zhou, X.E. / Gao, X. / Wang, N. / Xia, R. / Xu, Z. / Leng, Y. / Shi, Y. / Wang, G. / Melcher, K. / Xu, H.E. / He, Y.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation_author / struct / Item: _struct.pdbx_descriptor
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heliorhodopsin
B: Heliorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,27231
ポリマ－55,3112
非ポリマー4,96029
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.449, 102.139, 56.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 253 or resid 301))
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 5 through 253 or resid 301))A0
211chain BB5 - 253

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Heliorhodopsin / Heliorhodopsin 48C12


分子量: 27655.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacteria bacterium (バクテリア)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A2R4S913

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非ポリマー , 5種, 65分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.4
詳細: 50 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.4, 350 mM potassium citrate tribasic monohydrate, 37% PEG400, 0.5% w/v DDM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14449 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.942 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 1858 / CC1/2: 0.31 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3AM6

3am6


解像度: 2.7→49 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 1032 7.18 %
Rwork0.2641 --
obs0.2652 14372 93.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.69 Å2 / Biso mean: 36.6421 Å2 / Biso min: 8.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 332 36 4190
Biso mean--46.67 38.32 -
残基数----491
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2226X-RAY DIFFRACTION8.759TORSIONAL
12B2226X-RAY DIFFRACTION8.759TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.84240.34551600.3243181890
2.8424-3.02040.30911380.31186291
3.0204-3.25360.31451510.3025189293
3.2536-3.58090.31941460.2862181889
3.5809-4.09890.25461440.2461200797
4.0989-5.16330.23091670.2183197496
5.1633-490.26281260.2486196993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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