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- PDB-6ugi: Crystal structure of a fragment of E. coli tRNA(Asp) consisting o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ugi
タイトルCrystal structure of a fragment of E. coli tRNA(Asp) consisting of its acceptor stem/T stem-loop. Long unit cell.
要素tRNA(Asp) acceptor stem/T stem-loop
キーワードRNA / tRNA RNA unmodified T-loop acceptor stem
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chan, C.W. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM058443 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35 GM118108 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)T32 GM008152 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)T32 GM008382 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of an unmodified bacterial tRNA reveal intrinsic structural flexibility and plasticity as general properties of unbound tRNAs.
著者: Chan, C.W. / Badong, D. / Rajan, R. / Mondragon, A.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(Asp) acceptor stem/T stem-loop
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0862
ポリマ－9,9901
非ポリマー961
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.519, 43.519, 281.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

SO4

21A-101-

SO4

31A-223-

HOH

41A-231-

HOH

51A-236-

HOH

61A-239-

HOH

71A-245-

HOH

81A-246-

HOH

91A-256-

HOH

101A-261-

HOH

111A-269-

HOH

121A-270-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 tRNA(Asp) acceptor stem/T stem-loop


分子量: 9989.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: flash frozen with liquid nitrogen in crystallization well solution supplemented with either increased ammonium sulfate concentration or with 20% (v/v) glycerol for cryo-protection
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日 / 詳細: Monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→37.38 Å / Num. obs: 9226 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.754→1.872 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.257 / Num. unique obs: 3401 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 0.494 / Rrim(I) all: 1.354 / % possible all: 34.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6UGJ

6ugj


解像度: 1.75→37.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.066 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.141
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2556 474 5.2 %RANDOM
Rwork0.2308 ---
obs0.232 8709 84.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.84 Å2 / Biso mean: 33.009 Å2 / Biso min: 17.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→37.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 664 5 70 739
Biso mean--36.86 36.26 -
残基数----31
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.011744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9131.2791160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6053738
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02168
LS精密化 シェル解像度: 1.752→1.798 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 5 -
Rwork0.405 52 -
all-57 -
obs--7.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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