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- PDB-6ufi: W96Y Oxalate Decarboxylase (Bacillus subtilis) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ufi
タイトルW96Y Oxalate Decarboxylase (Bacillus subtilis)
要素Cupin domain-containing protein
キーワードLYASE / Hexamer / OxDC / Mn
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate decarboxylase / oxalate decarboxylase activity / oxalate metabolic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bicupin, oxalate decarboxylase/oxidase / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Oxalate decarboxylase / Oxalate decarboxylase OxdC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Pastore, A.J. / Burg, M.J. / Twahir, U.T. / Bruner, S.D. / Angerhofer, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Oxalate decarboxylase uses electron hole hopping for catalysis.
著者: Pastore, A.J. / Teo, R.D. / Montoya, A. / Burg, M.J. / Twahir, U.T. / Bruner, S.D. / Beratan, D.N. / Angerhofer, A.
#1: ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Practical considerations for using K3 cameras in CDS mode for high-resolution and high-throughput single particle cryo-EM.
著者: Ming Sun / Caleigh M Azumaya / Eric Tse / David P Bulkley / Matthew B Harrington / Glenn Gilbert / Adam Frost / Daniel Southworth / Kliment A Verba / Yifan Cheng / David A Agard /
要旨: Detector technology plays a pivotal role in high-resolution and high-throughput cryo-EM structure determination. Compared with the first-generation, single-electron counting direct detection camera ...Detector technology plays a pivotal role in high-resolution and high-throughput cryo-EM structure determination. Compared with the first-generation, single-electron counting direct detection camera (Gatan K2), the latest K3 camera is faster, larger, and now offers a correlated-double sampling mode (CDS). Importantly this results in a higher DQE and improved throughput compared to its predecessor. In this study, we focused on optimizing camera data collection parameters for daily use within a cryo-EM facility and explored the balance between throughput and resolution. In total, eight data sets of murine heavy-chain apoferritin were collected at different dose rates and magnifications, using 9-hole image shift data collection strategies. The performance of the camera was characterized by the quality of the resultant 3D reconstructions. Our results demonstrated that the Gatan K3 operating in CDS mode outperformed standard (nonCDS) mode in terms of reconstruction resolution in all tested conditions with 8 electrons per pixel per second being the optimal dose rate. At low magnification (64kx) we were able to achieve reconstruction resolutions of 149% of the physical Nyquist limit (1.8 Å with a 1.346 Å physical pixel size). Low magnification allows more particles to be collected per image, aiding analysis of heterogeneous samples requiring large data sets. At moderate magnification (105kx, 0.834 Å physical pixel size) we achieved a resolution of 1.65 Å within 8-h of data collection, a condition optimal for achieving high-resolution on well behaved samples. Our results also show that for an optimal sample like apoferritin, one can achieve better than 2.5 Å resolution with 5 min of data collection. Together, our studies validate the most efficient ways of imaging protein complexes using the K3 direct detector and will greatly benefit the cryo-EM community.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.number_all / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._reflns.number_all / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8947
ポリマ－43,5981
非ポリマー2966
水4,378243
1
A: Cupin domain-containing protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,36242
ポリマ－261,5876
非ポリマー1,77536
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_466y-1,x+1,-z+11
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area50260 Å2
ΔGint-517 kcal/mol
Surface area69720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.270, 155.270, 124.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-697-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cupin domain-containing protein / Oxalate decarboxylase


分子量: 43597.867 Da / 分子数: 1 / 変異: W96Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3145, ETL41_08750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A162QMS4, UniProt: O34714*PLUS

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非ポリマー , 5種, 249分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 7% PEG8000, 100 mM Tris, 200 mM magnesium chloride, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月16日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.717→32.447 Å / Num. all: 1351073 / Num. obs: 60978 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 22.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.08886 / Rrim(I) all: 0.02205 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 1.72→1.782 Å / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3797 / Mean I/σ(I) obs: 9.43 / Num. unique all: 126689 / Num. unique obs: 60715 / % possible all: 98.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6TZP

6tzp


解像度: 1.72→32.447 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1661 3115 5.11 %
Rwork0.149 --
obs0.1497 60977 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.87 Å2 / Biso mean: 14.5526 Å2 / Biso min: 5.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→32.447 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3011 0 11 244 3266
Biso mean--25.85 21.93 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8854847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9312214
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.72-1.74340.20721300.1722252895
1.7434-1.77190.17221560.14232572100
1.7719-1.80250.14791530.13472602100
1.8025-1.83530.12891450.12892612100
1.8353-1.87060.17071400.13612616100
1.8706-1.90870.16581280.13812639100
1.9087-1.95020.17251210.14512634100
1.9502-1.99560.1651440.14092616100
1.9956-2.04550.16011520.14462617100
2.0455-2.10080.16621510.14192614100
2.1008-2.16260.17451300.14422628100
2.1626-2.23240.15611500.14442623100
2.2324-2.31220.16381450.15062616100
2.3122-2.40470.18851460.16132629100
2.4047-2.51410.19121420.16022628100
2.5141-2.64660.1821320.16422659100
2.6466-2.81230.18711310.16582647100
2.8123-3.02930.18991580.16922619100
3.0293-3.33390.16891430.15672648100
3.3339-3.81570.16071310.14592684100
3.8157-4.80480.12291370.12222679100
4.8048-32.4470.16281500.15842752100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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