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万見
- PDB-1uw8: CRYSTAL STRUCTURE OF OXALATE DECARBOXYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uw8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OXALATE DECARBOXYLASE
要素OXALATE DECARBOXYLASE OXDC
キーワードLYASE / METAL BINDING PROTEIN / CUPIN / DECARBOXYLASE / OXALATE / MANGANESE / FORMATE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate decarboxylase / oxalate decarboxylase activity / oxalate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bicupin, oxalate decarboxylase/oxidase / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Oxalate decarboxylase OxdC
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Just, V.J. / Stevenson, C.E.M. / Bowater, L. / Tanner, A. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A Closed Conformation of Bacillus Subtilis Oxalate Decarboxylase Oxdc Provides Evidence for the True Identity of the Active Site
著者: Just, V.J. / Stevenson, C.E.M. / Bowater, L. / Tanner, A. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of Oxalate Decarboxylase from Bacillus Subtilis at 1.75 A Resolution
著者: Anand, R. / Dorrestein, P.C. / Kinsland, C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Oxalate Decarboxylase Requires Manganese and Dioxygen for Activity
著者: Tanner, A. / Bowater, L. / Fairhurst, S.A. / Bornemann, S.
履歴
登録2004年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXALATE DECARBOXYLASE OXDC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8534
ポリマ－43,6211
非ポリマー2323
水7,242402
1
A: OXALATE DECARBOXYLASE OXDC
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,11824
ポリマ－261,7256
非ポリマー1,39218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.663, 154.663, 122.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2328-

HOH

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要素

#1: タンパク質 OXALATE DECARBOXYLASE OXDC / OXDC


分子量: 43620.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FORMERLY KNOWN AS YVRK / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / プラスミド: PAT1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34714, oxalate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8.5 / 詳細: 8% PEG 8000, TRIS-HCL PH8.5, 18 DEG C, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.0
38 %PEG80001reservoir
4100 mMTris1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月21日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 38069 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 34.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 23.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 6.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J58

1j58


解像度: 2→91.29 Å / SU B: 1.95 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1583 1899 5 %RANDOM
Rwork0.12746 ---
obs0.129 36145 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å2-0.49 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3000 0 10 402 3412
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.158 / Rfactor Rwork: 0.127
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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