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万見
- PDB-6ufh: Co-crystal structure of M. tuberculosis ileS T-box in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ufh
タイトルCo-crystal structure of M. tuberculosis ileS T-box in complex with tRNA-3'-2'3'cyclic phosphate
要素
  • RNA (167-MER)
  • RNA (77-MER)
キーワードRNA / complex / riboregulator / riboswitch
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.104 Å
データ登録者Battaglia, R.A. / Grigg, J.A. / Ke, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118174 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116632 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for tRNA decoding and aminoacylation sensing by T-box riboregulators.
著者: Battaglia, R.A. / Grigg, J.C. / Ke, A.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (77-MER)
A: RNA (167-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5128
ポリマ－79,3662
非ポリマー1466
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area38760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.276, 61.430, 122.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (77-MER)


分子量: 24915.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#2: RNA鎖 RNA (167-MER)


分子量: 54450.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.03 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 4000, 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM KCl, 15 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→122.23 Å / Num. obs: 20442 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 70797
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.323.31.4141160335250.7550.9111.689195
8.78-122.233.20.02630319450.9990.0170.03133.297.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.104→62.68 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 1979 9.87 %
Rwork0.2198 --
obs0.2247 20046 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 423.85 Å2 / Biso mean: 163.5311 Å2 / Biso min: 43.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.104→62.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 5252 6 0 5258
Biso mean--97.74 --
残基数----244
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1044-3.1820.40021150.3701102878
3.182-3.2680.35141300.3485123192
3.268-3.36420.33321360.3152125595
3.3642-3.47280.3331460.3124128297
3.4728-3.59690.34731360.2923131698
3.5969-3.74090.32311460.2706128898
3.7409-3.91110.28941470.2371134299
3.9111-4.11730.24441450.212131899
4.1173-4.37520.2921470.2061327100
4.3752-4.71290.27361420.2242133199
4.7129-5.1870.25441420.1877130798
5.187-5.9370.22811480.1841133199
5.937-7.47810.25051480.2217134399
7.47810.24831510.1878136897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.10370.003-2.27271.88250.18983.3062-0.8292-0.2930.22660.30750.27050.0865-0.1505-1.06160.65790.74360.207-0.03692.2053-0.01021.448726.765-3.724538.5516
26.1701-1.01315.06960.656-0.03335.43550.26740.6585-0.3267-0.24790.1864-0.99610.7213-0.2637-0.16610.9003-0.1679-0.10871.3104-0.14961.253741.0808-6.848731.6183
30.8173-0.9187-0.83054.0009-1.24172.4524-0.6388-1.08820.8016-0.38670.1551-0.625-0.20440.6110.48560.7025-0.0169-0.23032.3894-0.43671.707142.5926-4.694523.144
40.71130.58690.33251.8533-0.61450.7020.91830.6983-0.9595-0.9794-1.575-1.34040.5832-0.98910.6021.41170.26480.33483.03570.21481.31739.4071-1.71533.2019
51.5362-1.3028-1.26291.75610.65562.1297-0.4126-0.47481.0128-0.08630.99520.531-0.85980.657-0.46210.9263-0.55610.14452.5503-0.15940.937139.3933.6230.0466
65.1766-0.69280.05471.80230.08091.4314-0.44290.92180.95570.02580.29850.0524-0.5061-0.5112-0.04460.7242-0.0665-0.09011.0752-0.00321.076343.7313-0.495246.4149
72.7663-0.2032-0.73381.65991.03582.4084-0.86081.52091.0762-0.61370.3786-0.63190.01991.14170.36510.9729-0.0342-0.07711.764-0.0441.338516.484-2.281744.5487
82.4291-0.51770.66032.29180.21692.41480.2010.19670.0947-0.150.11830.17611.3496-0.3851-0.22991.8827-0.02760.14262.287-0.15061.125818.8307-2.3912-8.1964
94.6276-2.16761.36226.09090.85752.2219-0.31460.5365-0.120.0840.1191-0.1720.0954-0.16140.26610.42610.0324-0.04070.6237-0.11460.6224-9.60268.465856.0779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 10 )B1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 11 through 20 )B11 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 21 through 25 )B21 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 26 through 45 )B26 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 46 through 50 )B46 - 50
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 51 through 65 )B51 - 65
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 66 through 76 )B66 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 2 through 91 )A2 - 91
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 92 through 166 )A92 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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