PDB-6ufc: Carbonic anhydrase 2 with inhibitor (2Z)-2-[(4-methoxyphenyl)meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ufc

タイトル

Carbonic anhydrase 2 with inhibitor (2Z)-2-[(4-methoxyphenyl)methylidene]-3-oxo-N-(4-sulfamoylphenyl)butanamide (11d/D4)

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / carbonic anhydrase / inhibitor / complex / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.325 Å

データ登録者

Peat, T.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Potent Dual-Tailed Benzenesulfonamide Inhibitors of Human Carbonic Anhydrases Implicated in Glaucoma and in Vivo Profiling of Their Intraocular Pressure-Lowering Action.
著者: Fares, M. / Eldehna, W.M. / Bua, S. / Lanzi, C. / Lucarini, L. / Masini, E. / Peat, T.S. / Abdel-Aziz, H.A. / Nocentini, A. / Keller, P.A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2019年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ufc.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ufc.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ufc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ufbC 6ufdC 4cq0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pgx-d 3bet-d 6lv4-d 5uln-d 6c7x-d 1ugd-d 4k0s-d 6vj3-d 4bf6-d 5tfx-d 4iwz-d 4knn-1 1if4-d 1i9p-d 1caj-d 7jo0-d 1xpz-d 3m3x-d 4q6e-d 3d0n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.561, 41.518, 72.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.720, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 274分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-Q6A / (2Z)-2-[(4-methoxyphenyl)methylidene]-3-oxo-N-(4-sulfamoylphenyl)butanamide 分子量: 374.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₂O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 nL 7 mg/mL protein + 200 nL reservoir solution (2.5-2.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5-9.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537299871 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537299871 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→41.52 Å / Num. obs: 55556 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.32→1.35 Å / R_merge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2453 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.235

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4CQ0

4cq0

解像度: 1.325→40.266 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.241 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1443	2669	4.806 %
R_work	0.1168	-	-
all	0.118	-	-
obs	-	55536	97.37 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.341 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.003 Å²	0 Å²	0.098 Å²
2-	-	-0.322 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.235 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.325→40.266 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2064	0	34	270	2368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.658	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.704	1.6	4906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.804	5	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.467	23.964	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.311	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.796	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.145	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.157	1.243	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.157	1.24	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.591	1.88	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.594	1.883	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.599	1.529	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.6	1.529	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.002	2.178	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.001	2.179	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.684	25.057	9979
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.684	25.057	9980
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.244	3	4408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.325-1.359	0.22	187	0.203	3566	X-RAY DIFFRACTION	90.5865
1.359-1.396	0.164	179	0.151	3777	X-RAY DIFFRACTION	96.7237
1.396-1.437	0.155	170	0.121	3691	X-RAY DIFFRACTION	96.8883
1.437-1.481	0.151	159	0.098	3618	X-RAY DIFFRACTION	96.9705
1.481-1.53	0.129	168	0.087	3458	X-RAY DIFFRACTION	97.2639
1.53-1.583	0.119	142	0.082	3378	X-RAY DIFFRACTION	97.4529
1.583-1.643	0.122	170	0.084	3271	X-RAY DIFFRACTION	97.8113
1.643-1.71	0.133	161	0.085	3125	X-RAY DIFFRACTION	98.0018
1.71-1.786	0.119	157	0.083	3035	X-RAY DIFFRACTION	98.4577
1.786-1.873	0.133	155	0.097	2882	X-RAY DIFFRACTION	98.668
1.873-1.975	0.13	163	0.1	2773	X-RAY DIFFRACTION	98.8552
1.975-2.094	0.123	160	0.103	2576	X-RAY DIFFRACTION	98.9512
2.094-2.239	0.133	125	0.107	2480	X-RAY DIFFRACTION	98.5622
2.239-2.418	0.153	109	0.11	2313	X-RAY DIFFRACTION	99.2623
2.418-2.648	0.142	116	0.119	2118	X-RAY DIFFRACTION	98.8496
2.648-2.96	0.13	87	0.129	1933	X-RAY DIFFRACTION	98.3926
2.96-3.417	0.163	97	0.138	1675	X-RAY DIFFRACTION	98.0089
3.417-4.183	0.137	69	0.12	1449	X-RAY DIFFRACTION	97.9987
4.183-5.905	0.157	64	0.144	1109	X-RAY DIFFRACTION	97.1831
5.905-40.266	0.265	31	0.196	640	X-RAY DIFFRACTION	96.2697

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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