+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ueh | ||||||
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Title | Crystal structure of a ruminal GH26 endo-beta-1,4-mannanase | ||||||
Components | Cow rumen GH26 endo-mannanase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / endo-mannanase / GH26 family / galactomannan / accessory domain | ||||||
Function / homology | ACETATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | metagenome (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.849 Å | ||||||
Authors | Mandelli, F. / Morais, M.A.B. / Lima, E.A. / Persinoti, G.F. / Murakami, M.T. | ||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Spatially remote motifs cooperatively affect substrate preference of a ruminal GH26-type endo-beta-1,4-mannanase. Authors: Mandelli, F. / de Morais, M.A.B. / de Lima, E.A. / Oliveira, L. / Persinoti, G.F. / Murakami, M.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ueh.cif.gz | 220.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ueh.ent.gz | 172.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ueh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ueh_validation.pdf.gz | 429.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ueh_full_validation.pdf.gz | 430.6 KB | Display | |
Data in XML | 6ueh_validation.xml.gz | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6ueh_validation.cif.gz | 38.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ueh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ueh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3zm8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56279.281 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) metagenome (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-CA / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: PEG 8,000 (18% v/v), PEG 400 (10% v/v), 0.1M sodium acetate pH 5.5, 500 mM sodium chloride, Glycerol (10% v/v) and Dioxane (0.5% v/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.4586 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 21, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.4586 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.849→43.607 Å / Num. obs: 43958 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.66 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.78 |
Reflection shell | Resolution: 1.849→1.91 Å / Num. unique obs: 4204 / CC1/2: 0.52 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ZM8 Resolution: 1.849→43.607 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.35
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.25 Å2 / Biso mean: 23.34 Å2 / Biso min: 6.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.849→43.607 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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