PDB-6ueh: Crystal structure of a ruminal GH26 endo-beta-1,4-mannanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ueh

タイトル

Crystal structure of a ruminal GH26 endo-beta-1,4-mannanase

要素

Cow rumen GH26 endo-mannanase

キーワード

HYDROLASE / endo-mannanase / GH26 family / galactomannan / accessory domain

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.849 Å

データ登録者

Mandelli, F. / Morais, M.A.B. / Lima, E.A. / Persinoti, G.F. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Spatially remote motifs cooperatively affect substrate preference of a ruminal GH26-type endo-beta-1,4-mannanase.
著者: Mandelli, F. / de Morais, M.A.B. / de Lima, E.A. / Oliveira, L. / Persinoti, G.F. / Murakami, M.T.

履歴

登録	2019年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ueh.cif.gz	220.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ueh.ent.gz	172.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ueh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ueh_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ueh_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	6ueh_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	6ueh_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ueh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ueh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zm8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gq4-d 5zch-1 6by8-d 5db0-d 4gq3-d 6bxy-d 6n39-d 4og4-d 5dde-d 1w54-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cow rumen GH26 endo-mannanase

ヘテロ分子

56.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.769, 53.748, 89.696
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cow rumen GH26 endo-mannanase 分子量: 56279.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 8,000 (18% v/v), PEG 400 (10% v/v), 0.1M sodium acetate pH 5.5, 500 mM sodium chloride, Glycerol (10% v/v) and Dioxane (0.5% v/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.849→43.607 Å / Num. obs: 43958 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.66 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.78
反射シェル	解像度: 1.849→1.91 Å / Num. unique obs: 4204 / CC_1/2: 0.52

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZM8

3zm8

解像度: 1.849→43.607 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	1997	4.54 %
R_work	0.1658	-	-
obs	0.168	43951	97.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.25 Å² / B_iso mean: 23.34 Å² / B_iso min: 6.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.849→43.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3952	0	13	641	4606
B_iso mean	-	-	42.23	32.27	-
残基数	-	-	-	-	484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4076
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.704	5535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	713
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.22	1456

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.849-1.8951	0.3197	138	0.2925	2870	93
1.8951-1.9463	0.3268	135	0.2588	2916	95
1.9463-2.0036	0.3213	144	0.2305	2920	96
2.0036-2.0683	0.2721	146	0.2188	2898	96
2.0683-2.1422	0.237	125	0.2065	3000	97
2.1422-2.2279	0.2465	143	0.1782	2984	97
2.2279-2.3293	0.2346	146	0.1746	2969	97
2.3293-2.4521	0.219	147	0.1732	3005	98
2.4521-2.6058	0.2106	151	0.1758	3019	98
2.6058-2.8069	0.2385	132	0.1706	3043	98
2.8069-3.0893	0.2196	146	0.1595	3030	99
3.0893-3.5362	0.1685	148	0.143	3078	99
3.5362-4.4545	0.1775	147	0.121	3079	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9279	3.1478	-2.2308	3.8088	-3.0912	3.4488	0.0144	-0.5159	1.1131	0.6477	0.3471	0.6705	-1.134	-0.9501	-0.1812	0.3765	0.1075	0.0172	0.3193	-0.0895	0.3231	1.35	41.969	55.975
2	9.6273	6.5451	0.5534	4.4494	0.3774	2.1935	0.2825	-0.1055	0.4286	0.3044	-0.1092	0.099	-0.2498	0.0844	-0.1611	0.1923	0.0051	0.0094	0.1714	-0.0323	0.2053	-2.542	28.004	57.468
3	4.5386	-0.672	-0.7017	7.1368	0.1062	4.6754	-0.0119	-0.3274	-0.2017	0.4121	0.0548	0.1684	0.1238	-0.03	-0.0285	0.1306	-0.0263	0.0055	0.1637	0.0196	0.1205	-8.437	15.058	58.006
4	1.0276	1.1244	-0.0169	4.4555	-0.7141	1.1119	-0.0309	0.0505	0.0104	-0.1352	0.0322	-0.05	0.0327	0.0375	0.0026	0.1091	0.0137	-0.0154	0.1445	-0.0054	0.1295	-2.251	25.155	45.531
5	0.5386	0.0546	-0.4161	0.1973	0.096	0.4876	0.0544	-0.0373	0.0294	-0.0326	-0.0081	-0.0495	-0.0748	0.1146	-0.0458	0.1807	-0.0014	-0.0174	0.1778	-0.0094	0.1832	19.256	36.707	23.335
6	1.4043	2.0266	1.9692	3.9074	4.2596	5.9295	-0.175	0.1557	0.1325	-0.3717	0.0376	0.142	-0.352	0.2388	0.1421	0.1972	0.0164	0.0015	0.172	0.0331	0.1668	23.193	35.152	2.501
7	2.5066	1.5805	1.2906	3.5074	2.7512	4.0504	-0.0476	0.3651	-0.0861	-0.2266	-0.0704	0.1105	0.0533	-0.2493	0.0891	0.1631	0.0175	-0.0126	0.2318	-0.0206	0.1811	17.264	25.676	1.514
8	7.688	-1.8563	0.7674	3.1593	-0.6361	6.2981	-0.0527	0.1114	-0.0587	-0.1883	-0.0822	0.0282	0.1496	-0.4033	0.1165	0.2055	-0.0535	0.0108	0.1787	-0.0632	0.1611	13.656	15.696	1.942
9	3.0168	0.7553	-0.847	2.0588	-0.0079	2.0505	-0.0051	0.0934	-0.0852	-0.004	-0.0416	-0.0092	0.14	-0.0934	0.0517	0.1418	0.001	-0.0139	0.1251	-0.014	0.1111	20.437	22.079	12.882
10	1.3024	-0.3464	-0.2637	1.7301	0.1433	0.8345	0.0149	-0.0391	-0.0284	0.0757	-0.0426	0.0558	0.0334	-0.0741	0.0258	0.1658	-0.0283	-0.0041	0.1893	-0.0163	0.1722	9.181	33.306	24.917

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 21:26 )	A	21 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 27:35 )	A	27 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 36:57 )	A	36 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 58:140 )	A	58 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 141:227 )	A	141 - 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 228:246 )	A	228 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 247:275 )	A	247 - 275
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 276:304 )	A	276 - 304
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 305:383 )	A	305 - 383
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 384:484 )	A	384 - 484

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