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- PDB-6ueb: Structure of Rabies SAD-B19 L-P complex from cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ueb
タイトルStructure of Rabies SAD-B19 L-P complex from cryo-EM
要素
  • Large structural protein
  • Phosphoprotein,Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Polymerase / Phosphoprotein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / symbiont-mediated suppression of host transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / virion component ...NNS virus cap methyltransferase / symbiont-mediated suppression of host transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / virion component / host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / : / Phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal / Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus ...: / Virus-capping methyltransferase, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / : / Phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal / Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / Large structural protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rabies virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Horwitz, J.A. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of a rabies virus polymerase complex from electron cryo-microscopy.
著者: Joshua A Horwitz / Simon Jenni / Stephen C Harrison / Sean P J Whelan /
要旨: Nonsegmented negative-stranded (NNS) RNA viruses, among them the virus that causes rabies (RABV), include many deadly human pathogens. The large polymerase (L) proteins of NNS RNA viruses carry all ...Nonsegmented negative-stranded (NNS) RNA viruses, among them the virus that causes rabies (RABV), include many deadly human pathogens. The large polymerase (L) proteins of NNS RNA viruses carry all of the enzymatic functions required for viral messenger RNA (mRNA) transcription and replication: RNA polymerization, mRNA capping, and cap methylation. We describe here a complete structure of RABV L bound with its phosphoprotein cofactor (P), determined by electron cryo-microscopy at 3.3 Å resolution. The complex closely resembles the vesicular stomatitis virus (VSV) L-P, the one other known full-length NNS-RNA L-protein structure, with key local differences (e.g., in L-P interactions). Like the VSV L-P structure, the RABV complex analyzed here represents a preinitiation conformation. Comparison with the likely elongation state, seen in two structures of pneumovirus L-P complexes, suggests differences between priming/initiation and elongation complexes. Analysis of internal cavities within RABV L suggests distinct template and product entry and exit pathways during transcription and replication.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20753
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large structural protein
B: Phosphoprotein,Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,0284
ポリマ－247,8972
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4020 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area86970 Å2

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要素

#1: タンパク質 Large structural protein / Protein L / Replicase / Transcriptase


分子量: 243274.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rabies virus (strain SAD B19) (ウイルス)
株: SAD B19 / 細胞株 (発現宿主): SF-9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P16289, RNA-directed RNA polymerase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, GDP polyribonucleotidyltransferase, EC: 2.1.1.296
#2: タンパク質・ペプチド Phosphoprotein,Phosphoprotein


分子量: 4623.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rabies virus (strain SAD B19) (ウイルス)
株: SAD B19 / 細胞株 (発現宿主): SF-9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P16286
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rabies lyssavirus strain SAD-B19 L-P complex / タイプ: COMPLEX
詳細: Purified L-P(1-91) complexes from baculovirus co-expression in insect cells
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rabies virus (strain SAD B19) (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: SF-9
緩衝液pH: 8.5
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 72 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44500
詳細: cisTEM was used for the final reconstruction and FSC curve/resolution analysis.
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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