PDB-6ue2: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ue2

タイトル

1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / blaD

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Peptoclostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ue2.cif.gz	445 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ue2.ent.gz	366 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ue2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ue2_validation.pdf.gz	497.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ue2_full_validation.pdf.gz	510.8 KB	表示
XML形式データ	6ue2_validation.xml.gz	48.1 KB	表示
CIF形式データ	6ue2_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ue2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ue2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dbu-d 4dbw-d 4zfc-d 1dxf-d 6cty-1 4yvv-d 5vgm-d 4yvx-d 6gxk-d 2xyl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95825

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.983, 93.200, 137.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29545.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_04580 / プラスミド: pMCSG104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase

分子量: 29545.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_04580 / プラスミド: pMCSG104 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 834分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 8.25 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PACT (C4), 0.1 M PCB buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 93218 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 26 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.074 / Χ²: 1.164 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4591 / CC_1/2: 0.71 / R_pim(I) all: 0.353 / R_rim(I) all: 0.871 / R_sym value: 0.794 / Χ²: 0.999 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.525 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.12
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1968	4651	5 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.1666	88476	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.49 Å² / B_iso mean: 34.519 Å² / B_iso min: 9.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→29.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8153	0	28	881	9062
B_iso mean	-	-	67.8	35.45	-
残基数	-	-	-	-	1007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	8576
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.644	11554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.382	1.59	18395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.539	5	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.443	24.765	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.601	15	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.116	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.054	0.02	9636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.05	0.02	1731

LS精密化シェル

解像度: 1.852→1.9 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	316	-
R_work	0.261	6202	-
all	-	6518	-
obs	-	-	95.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2842	0.7679	-0.2533	2.6201	-0.422	3.836	0.0237	0.0893	0.048	-0.148	0.0153	-0.2238	-0.1244	0.2544	-0.0391	0.0209	0.0107	0.03	0.1166	0.025	0.1143	7.0359	-19.7387	-1.778
2	1.5541	-0.4439	-0.2826	1.5358	0.1123	0.8314	-0.0024	-0.0328	0.1996	-0.0001	-0.0074	0.0386	-0.0629	-0.1171	0.0099	0.0324	0.008	-0.0183	0.0848	-0.0051	0.0813	-19.4865	-15.4568	0.5979
3	1.4237	-0.1436	0.3906	0.8624	0.0905	1.3452	-0.0154	0.038	0.2295	-0.0152	-0.0278	-0.0785	-0.137	0.0282	0.0432	0.0226	-0.0012	0.0059	0.0316	0.0096	0.0824	-4.9481	-14.8249	1.3683
4	2.42	1.5019	0.6446	6.2502	-0.2304	1.7383	0.0201	0.204	-0.1294	-0.5418	-0.0293	-0.2593	0.3095	0.3087	0.0092	0.201	0.1119	0.022	0.0999	-0.0437	0.1785	6.2608	-47.4807	-38.8039
5	1.4864	-0.8344	0.3632	1.6816	-0.1622	1.4855	0.0928	0.0358	-0.1234	-0.0016	-0.0278	-0.0221	0.0979	0.0109	-0.0649	0.0932	0.0057	0.0045	0.0011	-0.0005	0.0701	-7.0884	-30.771	-30.6511
6	4.5342	1.4703	1.4586	3.8263	0.6379	2.3775	0.0116	0.452	-0.1421	-0.6342	-0.0477	-0.3425	0.0651	0.4581	0.0361	0.2073	0.0907	0.0361	0.1278	0.003	0.173	4.8394	-37.8017	-40.8847
7	3.2358	-0.6849	-0.4732	1.7607	-0.2577	0.6376	0.1978	0.5376	0.3188	-0.2177	-0.0535	0.1122	-0.092	-0.2721	-0.1443	0.0997	0.0803	0.0199	0.1659	0.0869	0.0638	-37.5616	-8.7194	-34.9959
8	2.2441	0.5889	-0.8841	1.0862	-0.624	1.3399	0.1084	0.2542	0.252	-0.1082	0.0363	0.051	-0.1011	-0.1791	-0.1447	0.0962	0.0539	0.039	0.0514	0.0472	0.0722	-37.1335	-8.3667	-29.2224
9	1.4245	2.1974	-1.7437	3.6378	-2.3877	3.0054	-0.1058	0.5281	0.4619	-0.3147	0.5925	0.5765	-0.0831	-0.7025	-0.4867	0.3243	0.1202	0.0092	0.5383	0.312	0.4511	-42.5243	1.0613	-41.9248
10	2.7411	1.6213	-0.2128	2.7892	0.4673	2.6731	-0.1426	0.0821	-0.372	0.2198	-0.0491	-0.2152	0.532	-0.2916	0.1917	0.2286	-0.089	0.068	0.0402	-0.0339	0.157	-0.4571	-58.0142	-0.949
11	1.0368	-0.2435	0.005	1.6053	0.8593	3.5669	-0.091	0.0125	-0.1215	0.2918	-0.1994	-0.0069	0.4613	-0.4467	0.2904	0.1385	-0.0981	0.0503	0.0779	-0.0413	0.081	-3.3901	-54.5455	1.7309
12	0.2789	-0.2432	0.5169	0.5373	0.2042	4.5471	0.027	0.0937	-0.1453	0.1213	-0.2853	0.1129	1.1016	-0.55	0.2583	0.4086	-0.2107	0.1218	0.2081	-0.1061	0.2331	-5.9136	-66.7421	-10.2702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	167 - 288
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	41 - 71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	72 - 234
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	235 - 289
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	41 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	138 - 234
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	235 - 294
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	40 - 138
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	139 - 239
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	240 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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