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- PDB-6ue2: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ue2
タイトル1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / blaD
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PROPANOIC ACID / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A high-throughput structural system biology approach to increase structure representation of proteins from Clostridioides difficile.
著者: Rosas-Lemus, M. / Dey, S. / Minasov, G. / Tan, K. / Anderson, S.M. / Brunzelle, J. / Nocadello, S. / Shabalin, I. / Filippova, E. / Halavaty, A. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / ...著者: Rosas-Lemus, M. / Dey, S. / Minasov, G. / Tan, K. / Anderson, S.M. / Brunzelle, J. / Nocadello, S. / Shabalin, I. / Filippova, E. / Halavaty, A. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / Minor, W. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22026年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6058
ポリマ－118,1824
非ポリマー4224
水14,952830
1
A: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1833
ポリマ－59,0912
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4215
ポリマ－59,0912
非ポリマー3303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.983, 93.200, 137.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 29545.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_04580 / プラスミド: pMCSG104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 834分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 8.25 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PACT (C4), 0.1 M PCB buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 93218 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.164 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4591 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.871 / Rsym value: 0.794 / Χ2: 0.999 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.525 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.12
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1968 4651 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.1666 88476 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.49 Å2 / Biso mean: 34.519 Å2 / Biso min: 9.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8153 0 28 881 9062
Biso mean--67.8 35.45 -
残基数----1007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0138576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0187857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.64411554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3821.5918395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.53951052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.44324.765447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.601151560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1161525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.029636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.050.021731
LS精密化 シェル解像度: 1.852→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 316 -
Rwork0.261 6202 -
all-6518 -
obs--95.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28420.7679-0.25332.6201-0.4223.8360.02370.08930.048-0.1480.0153-0.2238-0.12440.2544-0.03910.02090.01070.030.11660.0250.11437.0359-19.7387-1.778
21.5541-0.4439-0.28261.53580.11230.8314-0.0024-0.03280.1996-0.0001-0.00740.0386-0.0629-0.11710.00990.03240.008-0.01830.0848-0.00510.0813-19.4865-15.45680.5979
31.4237-0.14360.39060.86240.09051.3452-0.01540.0380.2295-0.0152-0.0278-0.0785-0.1370.02820.04320.0226-0.00120.00590.03160.00960.0824-4.9481-14.82491.3683
42.421.50190.64466.2502-0.23041.73830.02010.204-0.1294-0.5418-0.0293-0.25930.30950.30870.00920.2010.11190.0220.0999-0.04370.17856.2608-47.4807-38.8039
51.4864-0.83440.36321.6816-0.16221.48550.09280.0358-0.1234-0.0016-0.0278-0.02210.09790.0109-0.06490.09320.00570.00450.0011-0.00050.0701-7.0884-30.771-30.6511
64.53421.47031.45863.82630.63792.37750.01160.452-0.1421-0.6342-0.0477-0.34250.06510.45810.03610.20730.09070.03610.12780.0030.1734.8394-37.8017-40.8847
73.2358-0.6849-0.47321.7607-0.25770.63760.19780.53760.3188-0.2177-0.05350.1122-0.092-0.2721-0.14430.09970.08030.01990.16590.08690.0638-37.5616-8.7194-34.9959
82.24410.5889-0.88411.0862-0.6241.33990.10840.25420.252-0.10820.03630.051-0.1011-0.1791-0.14470.09620.05390.0390.05140.04720.0722-37.1335-8.3667-29.2224
91.42452.1974-1.74373.6378-2.38773.0054-0.10580.52810.4619-0.31470.59250.5765-0.0831-0.7025-0.48670.32430.12020.00920.53830.3120.4511-42.52431.0613-41.9248
102.74111.6213-0.21282.78920.46732.6731-0.14260.0821-0.3720.2198-0.0491-0.21520.532-0.29160.19170.2286-0.0890.0680.0402-0.03390.157-0.4571-58.0142-0.949
111.0368-0.24350.0051.60530.85933.5669-0.0910.0125-0.12150.2918-0.1994-0.00690.4613-0.44670.29040.1385-0.09810.05030.0779-0.04130.081-3.3901-54.54551.7309
120.2789-0.24320.51690.53730.20424.54710.0270.0937-0.14530.1213-0.28530.11291.1016-0.550.25830.4086-0.21070.12180.2081-0.10610.2331-5.9136-66.7421-10.2702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A73 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3A167 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4B41 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5B72 - 234
6X-RAY DIFFRACTION6B235 - 289
7X-RAY DIFFRACTION7C41 - 137
8X-RAY DIFFRACTION8C138 - 234
9X-RAY DIFFRACTION9C235 - 294
10X-RAY DIFFRACTION10D40 - 138
11X-RAY DIFFRACTION11D139 - 239
12X-RAY DIFFRACTION12D240 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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