PDB-6ue0: Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Klebsiella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ue0

タイトル

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Klebsiella pneumoniae bound to pyruvate

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / DHDPS / Lysine biosynthesis / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.892 Å

データ登録者

Impey, R.E. / Lee, M. / Hawkins, D.A. / Sutton, J.M. / Panjikar, S. / Perugini, M.A. / Soares da Costa, T.P.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
Australian Research Council (ARC)	DE190100806	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1091976	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP150103313	オーストラリア

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Mis-annotations of a promising antibiotic target in high-priority gram-negative pathogens.
著者: Impey, R.E. / Lee, M. / Hawkins, D.A. / Sutton, J.M. / Panjikar, S. / Perugini, M.A. / Soares da Costa, T.P.

履歴

登録	2019年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ue0.cif.gz	138 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ue0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ue0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ue0_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ue0_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	6ue0_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6ue0_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ue0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ue0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yxcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yxd-1 3i7r-2 3den-1 2pur-1 2a6n-1 1yxc-1 1s5w-1 3c0j-1 1s5v-1 1dhp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

BBB: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

BBB: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

AAA: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

BBB: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: AUC
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.634, 114.230, 55.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase 分子量: 34816.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: dapA_2, dapA_3, dapA_4, dapA_5, dapA_6, dapA_7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: W9BBZ5, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris, ph 7.5, 2 M Ammonium Sulfate, 5 mM Pyruvate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→49.039 Å / Num. obs: 54112 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.89→1.93 Å / Num. unique obs: 3259 / CC_1/2: 0.827 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YXC

1yxc

解像度: 1.892→48.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.582 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	2562	4.741 %
R_work	0.1693	-	-
all	0.171	-	-
obs	-	54037	99.666 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.372 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.034 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.847 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.892→48.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4370	0	16	423	4809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.641	6074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.359	1.568	9830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.666	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.125	22.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.191	15	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.829	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.32	2.195	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.308	2.193	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.944	3.283	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.947	3.284	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.203	2.525	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.179	2.52	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.522	3.665	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.488	3.657	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.525	27.662	4975
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.393	27.218	4875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.892-1.941	0.315	165	0.296	3608	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.941-1.994	0.244	213	0.197	3661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.994-2.052	0.216	176	0.177	3596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.115	0.198	171	0.16	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.185	0.198	161	0.152	3357	X-RAY DIFFRACTION	99.9432
2.185-2.261	0.263	161	0.219	3271	X-RAY DIFFRACTION	99.9127
2.261-2.346	0.2	155	0.158	3143	X-RAY DIFFRACTION	99.9394
2.346-2.442	0.185	149	0.146	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.442-2.551	0.19	163	0.146	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.551-2.675	0.19	146	0.15	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.675-2.819	0.181	134	0.17	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.819-2.99	0.24	106	0.18	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.9249
2.99-3.196	0.206	116	0.183	2386	X-RAY DIFFRACTION	99.8802
3.196-3.452	0.216	93	0.18	2249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.452-3.781	0.201	135	0.166	2008	X-RAY DIFFRACTION	99.8137
3.781-4.226	0.156	120	0.147	1866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.226-4.877	0.152	65	0.138	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.877-5.967	0.209	45	0.171	1458	X-RAY DIFFRACTION	99.9335
5.967-8.414	0.156	70	0.155	1114	X-RAY DIFFRACTION	100
8.414-48.99	0.174	18	0.19	691	X-RAY DIFFRACTION	98.7465

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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