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- PDB-6udv: X-ray co-crystal structure of compound 3 bound to human Mcl-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6udv
タイトルX-ray co-crystal structure of compound 3 bound to human Mcl-1
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS/INHIBITOR / protein-protein interaction / apoptosis / inhibitor / APOPTOSIS-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q51 / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Huang, X. / Whittington, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and in Vivo Evaluation of Macrocyclic Mcl-1 Inhibitors Featuring an alpha-Hydroxy Phenylacetic Acid Pharmacophore or Bioisostere.
著者: Rescourio, G. / Gonzalez, A.Z. / Jabri, S. / Belmontes, B. / Moody, G. / Whittington, D. / Huang, X. / Caenepeel, S. / Cardozo, M. / Cheng, A.C. / Chow, D. / Dou, H. / Jones, A. / Kelly, R.C. ...著者: Rescourio, G. / Gonzalez, A.Z. / Jabri, S. / Belmontes, B. / Moody, G. / Whittington, D. / Huang, X. / Caenepeel, S. / Cardozo, M. / Cheng, A.C. / Chow, D. / Dou, H. / Jones, A. / Kelly, R.C. / Li, Y. / Lizarzaburu, M. / Lo, M.C. / Mallari, R. / Meleza, C. / Rew, Y. / Simonovich, S. / Sun, D. / Turcotte, S. / Yan, X. / Wong, S.G. / Yanez, E. / Zancanella, M. / Houze, J. / Medina, J.C. / Hughes, P.E. / Brown, S.P.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5222
ポリマ－17,9221
非ポリマー5991
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8840 Å2
2
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0434
ポリマ－35,8452
非ポリマー1,1982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_557-x,y,-z+5/21
Buried area2080 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.584, 89.370, 84.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17922.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物 ChemComp-Q51 / (4S,7aR,9aR,10S,11E,14S,15R)-6'-chloro-10-hydroxy-14,15-dimethyl-3',4',7a,8,9,9a,10,13,14,15-decahydro-2'H,3H,5H-spiro[1,19-(ethanediylidene)-16lambda~6~-cyclobuta[i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-4,1'-naphthalene]-16,16,18(7H,17H)-trione


分子量: 599.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H39ClN2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 3% eEthanol, 36% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 36627 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.02 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.845 / Num. unique obs: 3605

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→44.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 0.979 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.067
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 1894 5.2 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
obs0.206 34694 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.97 Å2 / Biso mean: 19.18 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→44.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1242 0 41 156 1439
Biso mean--15.08 33.83 -
残基数----155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9841767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8183.0052179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2925154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52522.90362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.56515236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0461514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02278
LS精密化 シェル解像度: 1.352→1.387 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 138 -
Rwork0.299 2346 -
all-2484 -
obs--98.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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