PDB-6ude: Crystal structure of Glycerol kinase from Elizabethkingia anophel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ude

タイトル

Crystal structure of Glycerol kinase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 in complex with ADP and glycerol

要素

Glycerol kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia anophelis / glycerol / adenosine diphosphate / ADP / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol catabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Glycerol kinase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 in complex with ADP and glycerol
著者: Phan, J.N. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ude.cif.gz	952.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ude.ent.gz	652.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ude.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ude_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ude_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	6ude_validation.xml.gz	77.4 KB	表示
CIF形式データ	6ude_validation.cif.gz	112.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6ude ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6ude	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ezwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1glf-d 3g25-d 1bo5-2 3ge1-d 6wev-d 4bz6-d 1aso-2 6wet-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ElanA.00232.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerol kinase

B: Glycerol kinase

C: Glycerol kinase

D: Glycerol kinase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.730, 185.930, 103.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.776, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glycerol kinase / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK 分子量: 56302.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア) 遺伝子: glpK, BD94_2504 / プラスミド: ElanA.00232.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EJ65, glycerol kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H10, well A4: 100mM HEPES / NaOH pH 7.48, 23.6% PEG 3350: ElanA.00232.a.B1.PW38276 at 20.5mg/ml, 3mM MgCl2 / ADP: additional overnight soak with ...詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H10, well A4: 100mM HEPES / NaOH pH 7.48, 23.6% PEG 3350: ElanA.00232.a.B1.PW38276 at 20.5mg/ml, 3mM MgCl2 / ADP: additional overnight soak with fresh 4mM MgCl2 / ADP: cryo: 20% EG in soak solution: tray 309736a4: puck pzi3-5.

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Optimization screen around condition MCSG1-H10, well A4: 100mM HEPES / NaOH pH 7.48, 23.6% PEG 3350: ElanA.00232.a.B1.PW38276 at 20.5mg/ml, 3mM MgCl2 / ADP: additional overnight soak with ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月1日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 151883 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.733 % / B_iso Wilson estimate: 37.921 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 14.13

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	3.374	0.597	1.97	11246	0.667	0.713	99.8
2-2.06	3.792	0.493	2.66	10919	0.807	0.574	99.9
2.06-2.12	3.837	0.385	3.53	10649	0.867	0.447	99.9
2.12-2.18	3.833	0.301	4.56	10304	0.912	0.35	99.9
2.18-2.25	3.834	0.249	5.46	10050	0.946	0.29	99.9
2.25-2.33	3.831	0.195	6.93	9682	0.962	0.227	99.9
2.33-2.42	3.824	0.17	7.98	9379	0.969	0.198	99.8
2.42-2.52	3.818	0.143	9.36	8988	0.98	0.166	99.8
2.52-2.63	3.816	0.119	11.15	8659	0.984	0.139	99.9
2.63-2.76	3.788	0.092	14.08	8245	0.99	0.108	99.7
2.76-2.91	3.761	0.072	17.48	7837	0.993	0.084	99.9
2.91-3.08	3.729	0.061	20.74	7424	0.994	0.071	99.8
3.08-3.3	3.685	0.049	24.9	6963	0.996	0.058	99.7
3.3-3.56	3.635	0.041	28.78	6501	0.997	0.048	99.6
3.56-3.9	3.596	0.038	31.67	5966	0.997	0.044	99.4
3.9-4.36	3.59	0.033	34.12	5381	0.997	0.039	99.2
4.36-5.03	3.614	0.032	35.29	4760	0.998	0.037	99.4
5.03-6.17	3.68	0.029	35.62	4056	0.998	0.034	99.7
6.17-8.72	3.714	0.025	36.56	3158	0.999	0.03	99.6
8.72-50	3.6	0.023	37.74	1716	0.998	0.027	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: two domains from PDB entry 3ezw chain D as per MoRDa

3ezw

解像度: 1.95→35.73 Å / SU ML: 0.2124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6951
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2053	2015	1.33 %	0
R_work	0.1648	149793	-	-
obs	0.1654	151808	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15138	0	136	1151	16425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	15647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8026	21307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0521	2438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	2748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3441	9197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2	0.31	122	0.2397	10723	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2-2.05	0.2612	129	0.2154	10680	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.05-2.11	0.2523	155	0.1993	10669	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.18	0.2405	145	0.1847	10675	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.18-2.26	0.2262	132	0.1754	10732	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.26-2.35	0.1938	163	0.1637	10665	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.35-2.46	0.2313	129	0.1687	10700	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.46-2.59	0.2364	161	0.1686	10691	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.59-2.75	0.2074	128	0.1685	10750	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.75-2.96	0.2079	145	0.1656	10661	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.96-3.26	0.2234	163	0.1658	10682	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.26-3.73	0.2073	119	0.156	10706	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.73-4.7	0.1621	144	0.1433	10697	X-RAY DIFFRACTION	99.33
4.7-35.73	0.1895	180	0.1615	10762	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.42195907464	-0.458562494624	-0.54713602339	1.79497632367	0.141171869505	1.47707353462	0.0854061405781	-0.100208236504	0.040879400169	0.206363400653	-0.0355915637073	-0.0671816452973	-0.203281693964	-0.0535680393154	-0.0553437343345	0.284142088276	-0.0319336865941	-0.0186770504654	0.186267938039	-0.00423790383036	0.139630441153	4.00198494183	2.14787068979	8.41499852251
2	1.71233155008	-0.169223335676	-0.304332100707	2.34237819815	0.281448422099	1.73964953203	0.0372392319767	-0.434671956721	-0.137495155915	0.52992913138	-0.0371379445388	-0.197881166875	-0.0126246604383	0.103377645507	0.0065074191002	0.423676978315	-0.0426872064922	-0.0622020713973	0.303082783871	0.037593962014	0.177106683784	6.62570121969	-3.3678593048	20.0657498301
3	0.779928956729	-0.0282637230881	-0.434858993806	0.835859814549	0.112278418944	2.25654207641	0.0664716291717	-0.00107158458468	-0.0270689118844	0.211898345962	-0.0474177688621	0.135398345987	-0.155337462688	-0.47855854588	0.0158004052807	0.182929945452	0.0104501401571	0.0230313198817	0.276992910276	-0.00871769471226	0.20355521734	-8.91981388077	-3.42914994145	-0.678875326562
4	2.32688063966	1.23845262282	1.18216363436	2.23850336742	0.150516434621	0.735764087396	0.0115750566709	0.153509326154	-0.13681065651	0.306405291545	-0.304533491383	0.564162149935	-0.207208683447	-0.473545354428	0.341108867696	0.10491739996	0.102218724063	0.0783755549637	0.791255814466	-0.0151156360302	0.464271767528	-23.2325818375	2.65659854935	4.50714306978
5	5.37406794371	0.723946312418	-1.08278553271	4.30077879927	-0.0779885660704	2.92137595463	0.115341800989	0.119231738199	-0.271797954035	0.00492014553349	-0.0876969045998	0.370641449861	0.35212325137	-0.566091231544	-0.0541896494316	0.196999068412	-0.0267940896054	0.019141095206	0.220912895282	-0.0289453512042	0.17054178245	-3.35171326598	-16.5504227943	-14.2154262368
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 239 through 306 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 307 through 335 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 336 through 451 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 452 through 475 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 476 through 499 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 4 through 189 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 190 through 238 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 239 through 268 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 269 through 306 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 307 through 335 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 336 through 372 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 373 through 415 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 416 through 451 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 452 through 475 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 476 through 499 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 4 through 224 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 225 through 451 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 452 through 499 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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