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Yorodumi- PDB-3ge1: 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Sta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ge1 | ||||||
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Title | 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol | ||||||
Components | Glycerol kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycerol Kinase / Glycerol / ADP / idp00743 / ATP-binding / Glycerol metabolism / Kinase / Nucleotide-binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / phosphorylation / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Brunzelle, J. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol Authors: Minasov, G. / Brunzelle, J. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ge1.cif.gz | 404 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ge1.ent.gz | 330.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ge1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3ge1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/3ge1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ezwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 2 - 497 / Label seq-ID: 5 - 500
NCS ensembles :
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Details | Chains A, B, C, D represent biological assembly (tetramer). |
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56471.402 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (bacteria) Strain: Staphylococcus aureus subsp. aureus COL / Gene: glpK, SACOL1320 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-DE3 / References: UniProt: Q5HGD2, glycerol kinase |
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-Non-polymers , 5 types, 294 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / pH: 7.5 Details: 2% Glycerol, PEG3350 20%, 0.2M Sodium dihydrogen Phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97624 |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 23, 2008 / Details: BERYLLIUM LENSES |
Radiation | Monochromator: SI{111} / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97624 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. obs: 56438 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 57.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 18.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 83.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EZW Resolution: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 37.063 / SU ML: 0.322 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: Individual Atomic Temperature Factors were Refined Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.386 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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