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Yorodumi- PDB-6ude: Crystal structure of Glycerol kinase from Elizabethkingia anophel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ude | ||||||
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Title | Crystal structure of Glycerol kinase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 in complex with ADP and glycerol | ||||||
Components | Glycerol kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia anophelis / glycerol / adenosine diphosphate / ADP / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol catabolic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Elizabethkingia anophelis NUHP1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of Glycerol kinase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 in complex with ADP and glycerol Authors: Phan, J.N. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ude.cif.gz | 952.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ude.ent.gz | 652.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ude.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6ude ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6ude | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ezwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56302.590 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (bacteria) Gene: glpK, BD94_2504 / Plasmid: ElanA.00232.a.B1 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A077EJ65, glycerol kinase #2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Optimization screen around condition MCSG1-H10, well A4: 100mM HEPES / NaOH pH 7.48, 23.6% PEG 3350: ElanA.00232.a.B1.PW38276 at 20.5mg/ml, 3mM MgCl2 / ADP: additional overnight soak with ...Details: Optimization screen around condition MCSG1-H10, well A4: 100mM HEPES / NaOH pH 7.48, 23.6% PEG 3350: ElanA.00232.a.B1.PW38276 at 20.5mg/ml, 3mM MgCl2 / ADP: additional overnight soak with fresh 4mM MgCl2 / ADP: cryo: 20% EG in soak solution: tray 309736a4: puck pzi3-5. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 151883 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.733 % / Biso Wilson estimate: 37.921 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 14.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: two domains from PDB entry 3ezw chain D as per MoRDa Resolution: 1.95→35.73 Å / SU ML: 0.2124 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.6951 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→35.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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