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万見
- PDB-6ubu: 1.60 A resolution structure of the guanine riboswitch bound to guanine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ubu
タイトル1.60 A resolution structure of the guanine riboswitch bound to guanine
要素Guanine riboswitch aptamer domain
キーワードRNA / riboswitch aptamer guanine purine nucleobase
機能・相同性ACETATE ION / GUANINE / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Matyjasik, M.M. / Batey, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM073850 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: High Affinity Binding of N2-Modified Guanine Derivatives Significantly Disrupts the Ligand Binding Pocket of the Guanine Riboswitch.
著者: Matyjasik, M.M. / Hall, S.D. / Batey, R.T.
履歴
登録2019年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,96312
ポリマ－21,5071
非ポリマー1,45611
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.175, 35.260, 42.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: RNA鎖 Guanine riboswitch aptamer domain


分子量: 21506.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mM potassium HEPES pH 7.5, 20% v/v PEG 3000 MW, 40-50 mM cobalt hexamine, 600-650 mM ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.597→19.66 Å / Num. obs: 37435 / % possible obs: 83.41 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 20.23 Å2 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Χ2: 2.015 / Net I/σ(I): 13.67
反射 シェル解像度: 1.597→1.654 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.876 / Num. unique obs: 593 / CC1/2: 0.622 / Χ2: 2.382 / % possible all: 23.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FE5

4fe5


解像度: 1.6→19.66 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 3417 9.13 %
Rwork0.2004 --
obs0.2022 37435 73.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1422 72 240 1734
Biso mean--28.31 31.13 -
残基数----67
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0222605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.603800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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