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- PDB-6ua3: Human Mcl-1 in complex with a modified Bim BH3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ua3
タイトルHuman Mcl-1 in complex with a modified Bim BH3 peptide
要素
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
  • modified Bim BH3 peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/Inhibitor / Inhibitor / PEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dynorphin receptor activity / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / neuropeptide binding / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis ...dynorphin receptor activity / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / neuropeptide binding / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neuropeptide signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-type opioid receptor / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.552 Å
データ登録者Mandal, T. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibitor peptides against Mcl-1 containing non-natural amino acids show potent apoptotic response.
著者: Mandal, T. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: modified Bim BH3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4402
ポリマ－20,4402
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.096, 56.408, 99.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17823.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド modified Bim BH3 peptide


分子量: 2617.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4 M Na Citrate pH 6.5 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 24123 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 21.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 231240
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.582.20.3826400.780.2520.4620.77351.2
1.58-1.612.80.3887980.7920.2260.4540.95662.3
1.61-1.643.30.3129000.8770.1680.3590.97870.8
1.64-1.673.80.3310240.8740.1670.3730.9580.3
1.67-1.714.80.33911430.8890.1610.3790.91688.9
1.71-1.755.90.34412450.8750.1540.380.95297.3
1.75-1.7980.34112760.9390.1310.3660.94999.5
1.79-1.848.80.34112930.9560.1230.3630.95699.9
1.84-1.899.70.32812690.9680.1110.3470.983100
1.89-1.9510.30.29512950.9630.0970.3111.06299.9
1.95-2.0210.20.25612750.9770.0840.271.12999.7
2.02-2.1120.21412970.9880.0640.2241.208100
2.1-2.212.50.18213010.9910.0530.191.211100
2.2-2.3212.30.15613000.9940.0450.1621.271100
2.32-2.4611.60.13513020.9930.0410.1421.27199.8
2.46-2.6513.10.11513050.9960.0330.1191.203100
2.65-2.9212.90.09613190.9970.0280.11.171100
2.92-3.3412.20.06813370.9980.020.0721.12499.9
3.34-4.2112.90.04913490.9990.0140.0511.01999.9
4.21-10011.60.03614550.9990.0110.0380.7299.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.68 Å49.73 Å
Translation4.68 Å49.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.552→49.73 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 1994 8.32 %
Rwork0.1711 21960 -
obs0.1738 23954 91.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.95 Å2 / Biso mean: 30.075 Å2 / Biso min: 12.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.552→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1435 0 0 138 1573
Biso mean---37.79 -
残基数----178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5331971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.139882
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5521-1.59090.3176750.262482250
1.5909-1.6340.23921030.2265114267
1.634-1.6820.25271210.2071132880
1.682-1.73630.26271440.2079158293
1.7363-1.79840.20991500.1818164699
1.7984-1.87040.22251520.18151679100
1.8704-1.95550.2031540.179169999
1.9555-2.05860.23071520.1752166899
2.0586-2.18760.1961530.1642167999
2.1876-2.35650.18431550.16171706100
2.3565-2.59370.21891570.17061727100
2.5937-2.96890.19261530.1801171399
2.9689-3.74030.19061590.16871740100
3.7403-49.730.19791660.1573182998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.389 Å / Origin y: -6.7563 Å / Origin z: -14.1515 Å
111213212223313233
T0.1397 Å2-0.0098 Å2-0.0131 Å2-0.1472 Å20.0029 Å2--0.1429 Å2
L0.7236 °2-0.357 °20.2206 °2-0.9403 °2-0.2994 °2--0.9724 °2
S-0.0336 Å °0.0028 Å °-0.0104 Å °0.0404 Å °0.0027 Å °-0.0154 Å °-0.0877 Å °0.074 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA171 - 325
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 25
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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